В клинике Бехтерева Психологическая лаборатория была организована в 1895 году. В ней велись главным образом работы по экспериментальной психологии и клинической психофизиологии. Среди сотрудников лаборатории выделялся молодой талантливый выпускник Военно-медицинской академии Александр Федорович Лазурский. В 1900 году он блестяще защитил диссертацию на степень доктора медицины о влиянии мышечных упражнений на мозговое кровообращение. Высокую оценку работе Лазурского дал, в частности, его официальный оппонент физиолог профессор И. П. Павлов. Широкую известность приобрела разработанная Лазурским методика «естественного эксперимента». Он создал новое направление в изучении человеческой личности.

В качестве начальника кафедры Бехтереву приходилось выполнять многочисленные обязанности и вне пределов руководимых им учреждений. Так, он сразу же вошел в состав Конференции профессоров академии, возглавляемой ее начальником. Здесь вместе с ним заседали и его бывшие учителя (анатом Тернецкий, хирург Вельяминов, химик Лебедев и другие), и ученые его собственного поколения, такие, как терапевт Пастернацкий, гигиенист Шидловский, хирург Субботин, химик Данин, биолог Холодковский, физиолог Павлов, — Иван Петрович Павлов…

Знаменитый уже и тогда коллега Бехтерева прошел к тому времени нелегкий путь в науку. После возвращения из зарубежной поездки он долго не мог получить профессорскую должность. Павлов рассчитывал на вакансию после ухода в апреле 1889 года с кафедры физиологии Петербургского университета своего духовного наставника И. М. Сеченова. Но ее занял ученик Сеченова H. E. Введенский. Павлов думал и о возможности занять подобную кафедру Томского университета. Однако министерством по одному ему понятным причинам туда был назначен зоолог Великий. Только весной 1890 года Павлов стал начальником кафедры фармакологии Военно-медицинской академии, а через пять лет в связи с отставкой профессора князя Тарханова он был переведен на должность руководителя кафедры физиологии. С 1891 года, кроме того, по приглашению принца Ольденбургского И. П. Павлов возглавлял физиологический отдел вновь создаваемого тогда этим меценатом Института экспериментальной медицины.

В 1895 году Павлов рецензировал книгу Бехтерева «Проводящие пути мозга», дал на нее положительный отзыв и тем способствовал решению Конференции академии о выделении субсидии в 700 рублей для ее переиздания. Переиздана книга была в переработанном и значительно дополненном виде в двух томах, которые вышли из печати в 1896 и 1898 годах. Историк медицины Г. В. Архангельский в 1965 году об этой книге писал следующее: «Среди наилучших руководств по изучению проводящих путей и центров головного и спинного мозга следует отметить второе издание двухтомного труда В. М. Бехтерева, напечатанного в 1896–1898 годах. Оно было настольной книгой неврологов. Глубина и полнота изложения в этом руководстве материала делали его незаменимым пособием при написании учебников и монографий по семиотике нервных болезней, а также анатомических атласов. Многие схемы руководства В. М. Бехтерева использовал Раубер в своих знаменитых анатомических атласах, которые переиздаются и в наше время».

В ноябре 1900 года книга Бехтерева вошла в число выдвинутых на премию имени Бэра Российской Академии наук. На эту же премию была представлена и серия работ И. П. Павлова по физиологии пищеварительных желез. Комиссии, возглавляемой крупным патологом академиком Ф. В. Овсянниковым, трудно было отдать предпочтение тому или другому соискателю, и она вынесла такое решение: «Академия наук, признавая, что труды профессоров В. М. Бехтерева и И. П. Павлова одинаково заслуживают полную премию академика Бэра, положила согласно §8 Правил об этих наградах, соединить обе премии — полную в 1000 р. и половинную в 500 р. — и разделить сумму в 1500 р. между обоими авторами и выдать каждому по 750 р.». 29 декабря на торжественном заседании Академии наук двум замечательным ученым вручили присужденную им награду.

В 1894 году Бехтерев получил первый генеральский чин. В конце ноября того же года он был назначен «совещательным членом» Медицинского совета министерства внутренних дел, а в 1895 году — «совещательным членом» Военно-медицинского ученого совета при военном министре. Тогда же его включили в состав совета Дома призрения душевнобольных, учрежденного императором Александром III. Почти одновременно он получил извещение об избрании почетным членом Бельгийского и Нидерландского психоневрологических обществ и соответствующие дипломы. 15 мая 1899 года Бехтереву присудили почетное звание академика Военно-медицинской академии (с этого времени в печати его обыкновенно именовали академиком; встречая такое название, необходимо помнить, что в число членов Императорской, а позже Российской Академии наук он никогда не входил). Список почетных отличий щедрого на почести года дополнил диплом члена-корреспондента французского общества невропатологов.

Но награды соседствовали с заботами. Еще в 1894 году Бехтерев предложил пересмотреть положение о клинике душевных и нервных болезней Военно-медицинской академии. Четыре года спустя, к 100-летнему юбилею академии, проект Бехтерева был утвержден. Новое положение объединяло в единое лечебное учреждение клиники душевных и нервных болезней и подчиняло его начальнику академии. Улучшалось финансовое положение клиники, увеличивались права ее директора. Обновленная клиника превратилась в лечебный, научный и учебный центр, хорошо приспособленный для изучения и лечения неврологических и душевных больных, для преподавания нервных болезней и психиатрии, для ведения интенсивных научных исследований.

Созданную Мержеевским анатомо-физиологическую лабораторию Бехтерев разделил на лаборатории морфологическую и физиологическую и, кроме того, организовал лабораторию психологических и психометрических исследований, названную позже лабораторией объективной психологии. В дальнейшем для изучения изменений обмена веществ при различных заболеваниях им была организована лаборатория клинической химии.

Возглавляемая Бехтеревым клиника наряду с клиниками Московского университета стала крупнейшим в России центром по подготовке квалифицированных кадров невропатологов и психиатров. Число прикомандированных к ней врачей военных и гражданских ведомств постоянно возрастало. Так, к примеру, только в одном, 1897/98 учебном году в клинике Бехтерева, помимо штатных сотрудников, работали выпускники Военно-медицинской академии, оставленные в институте усовершенствования при ней для подготовки к преподавательской деятельности В. П. Осипов, А. В. Гервер, M. H. Жуковский, А. И. Карпинский, А. Ф. Лазурский. От главного Военно-медицинского управления в клинике проходили стажировку врачи Текутьев, Трапезников, Иванов, Ларионов, Цитович, Мащенко, Мирский, Тонков; от гражданских ведомств — Бориншольский, Бруштейн, Сущинекий, Бари, Гольцингер, Левченко, Топорков, Наишевский, Тривус, Резников, Шипов, Гизе, Вирсаладзе. Кроме того, в клинике активно занимались лечебной и научно-исследовательской работой студенты академии Грибоедов, Рейц и другие. Большинство из перечисленных врачей и студентов, получавших подготовку под руководством Бехтерева, впоследствии стали профессорами, заведующими кафедрами, внесшими немалый вклад в развитие невропатологии, психиатрии и психологии.