Лица, завершившие образование на двух первых курсах или уже имеющие высшее образование, могли поступать сразу на третий курс, на котором шла подготовка по разным профилям. В связи с этим с третьего курса учащиеся разделялись на секции соответственно своей будущей специальности. Предполагалось со временем создать секции: психологическую, педагогическую, юридическую (криминалистическую) и психиатрическую.

«Познать человека!» — так Бехтерев кратко сформулировал девиз Психоневрологического института. «Как это ни печально, — говорил он в докладе, — но следует отметить парадоксальный факт, что в наше время сам человек остается как бы забытым. Все наши высшие школы преследуют большей частью утилитарные и профессиональные задачи. Они готовят юристов, математиков, естественников, врачей, архитекторов, техников, путейцев и т. п. Но при этом упущено из виду, что впереди всего этого должен быть поставлен сам человек и что для государства и общества, кроме профессиональных деятелей, нужны еще лица, которые понимали бы, что такое человек, как и по каким законам развивается его психика, как его лучше уберегать от ненормальных уклонений в этом развитии, как лучше использовать школьный возраст человека для его образования, как лучше направить его воспитание, как следует ограждать сложившуюся личность от упадка интеллекта и нравственности, какими мерами следует предупреждать вырождение населения, какими общественными установлениями надлежит поддерживать самодеятельность личности, устранение развития пагубной в общественном смысле пассивности, какими способами государство должно оберегать и гарантировать права личности, в чем должны заключаться разумные меры борьбы с преступностью в населении, какое значение имеют идеалы в обществе, как и по каким законам развивается массовое движение умов и т. п. Все это, — заявлял докладчик, — вопросы капитальной важности для современного человека, значение которых не может быть переоценено».

Бехтерев призывал «…познать человека в его высших проявлениях ума, чувств и воли, в его идеалах истины, добра и красоты для того, чтобы отделить вечное от бренного, доброе от дурного, изящное от грубого; познать дитя в его первых проявлениях привязанности к матери, к семье, чтобы дать ему все, что жаждет его младенческая душа; познать юношу в его стремлении к свету и правде, чтобы помочь ему в создании нравственных идеалов; познать сердце человека в его порывах любви, чтобы эту любовь направить на все человечество; познать обездоленного бедняка, толкаемого судьбой на путь преступления, чтобы предотвратить последнее путем проведения улучшения его быта и перевоспитания; познать и изучать душевнобольного, чтобы облегчить его страдания и, где можно, излечить, — не значит ли это разрешить больные и самые жгучие вопросы нашей общественной жизни.

…Но познать человека, познать в нем личность, возвышающуюся над другими существами в виде бессловесных тварей, признать в нем стремление к высшему идеалу, к прогрессу, к знанию — это значит его полюбить, это значит его уважать.

Таким образом, на знамени Психоневрологического института должен быть начерчен девиз не просто только познать человека, но и любить в нем все человеческое и уважать в нем права человеческой личности. И пусть этот девиз познания любви и уважения личности в человеке взрастит в юных любовь к знанию о человеке как человеке и воспитает в них те социальные чувства и те идеалы, которые будут вечно светить над человечеством, и пусть эти чувства и эти идеалы будут служить для них верными руководителями не только в светлые периоды подъема общественных сил, но и в мрачные эпохи испытания…».

На торжественном открытии Психоневрологического института, кроме Бехтерева, с докладами выступали профессора — зоопсихолог В. А. Вагнер и социологи Е. В. де Роберти и M. M. Ковалевский. Два последних ранее преподавали в Вольной русской школе социальных наук в Париже, созданной на средства эмигрантов. Оба они были активными пропагандистами демократических идей.

Собрание прошло с большим подъемом. Поток желающих учиться в институте возрос после него еще более. К 15 февраля 1908 года на первый курс записалось 421 человек, в том числе 313 женщин. Совет института за обучение в первом семестре установил плату в 30 рублей, при этом 36 неимущих слушателей от платы за обучение были освобождены.

В сентябре 1908 года в Психоневрологический институт приняли еще 479 человек. С 15 сентября лекции и занятия велись уже параллельно со студентами 1-го и 2-го семестров. Это привело к необходимости иметь более обширное помещение. Тогда и был арендован дом Груздева (Невский проспект, д. 104), который и стал на некоторое время главным зданием Психоневрологического института. Увеличился и состав Совета. К осени 1908 года в него входили 42 профессора. Среди вновь избранных профессоров были физиолог H. E. Введенский, историк всемирной литературы Ф. Д. Батюшков, математик В. И. Бауман, антрополог Р. Л. Вайнберг, профессор уголовной социологии С. Г. Гогель, специалисты по общему землеведению А. В. Клоссовский, по общему государственному праву М. А. Рейснер, по всеобщей истории Е. В. Тарле, по химии Д. М. Цвет и другие. 11 декабря 1908 года Совет института избрал своим почетным членом великого русского писателя Л. Н. Толстого.

Для поддержания финансового обеспечения института по инициативе Бехтерева был создан Попечительский совет, состоящий из жертвователей крупных сумм, «а также лиц, способных принести особую пользу институту по своим познаниям и общественному положению». Председателем этого совета стал граф А. Д. Шереметев. Хозяйственный комитет института возглавил М. С. Добротворский.

С 1909 года при Психоневрологическом институте возникла Строительная комиссия, которую также возглавил Добротворский. В состав этой комиссии входили Бехтерев, Вагнер, Гервер, Пуссеп, архитектор института Р. Ф. Мельцер и инженер А. И. Балинский (сын профессора И. М. Балинского). В задачу комиссии входила организация строительства новых корпусов Психоневрологического института на «дарованной» царской канцелярией заболоченной пустоши за Невской заставой в 12,66 десятины на месте бывшей Глухозерской фермы.

Еще 1 октября 1907 года Бехтерев на заседании Совета института предложил организовать Попечительство о душевных и нервных больных. В комиссию по составлению проекта устава Попечительства вошли Бехтерев, Останков и Грибоедов. 13 декабря того же года устав этот одобрил Совет, но утверждение его министерством внутренних дел последовало только 30 апреля 1909 года — иными словами, через полтора года. Попечительство было благотворительной организацией, призванной облегчать участь находившихся вне стационаров душевных и нервных больных по всей территории России.

Торжественное заседание в связи с созданием Попечительства состоялось в декабре 1909 года во время III съезда отечественных психиатров. В работе этого заседания приняли участие и делегаты съезда. Академик Бехтерев выступил в этот день с докладом «О положении душевнобольных в России». Попечительство взяло на себя сбор средств на нужды душевнобольных и больных нервными заболеваниями. Часть этих средств должна была расходоваться на строительство и содержание клиник при Психоневрологическом институте, призванных обеспечить «не только призрение, но и изучение причин развития и распространения душевных и нервных заболеваний». Фонды попечительства пополнялись за счет пожертвований, благотворительных вечеров, членских взносов… Бехтерев передал Попечительству собственные деньги, заработанные во время частного приема больных, который проводился им регулярно по четвергам. Плата за консультацию была строго определенной и составляла 20 рублей. В 1911 году с разрешения Петербургского митрополита для нужд Попечительства деньги собирали в церквах. Попечительство о душевных и нервных больных стало массовой всероссийской организацией. В него вступали люди, живущие в разных концах страны. Бехтерев входил в число почетных членов Попечительства.