14 сентября 1912 года открылась психиатрическая клиника Психоневрологического института. Ею руководили Гервер и Останков. В тот же день на территории института было заложено здание клиники нейрохирургии и хирургии имени Н. И. Пирогова. Неподалеку строились здания Педологического института в Эпилептическая клиника.

В конце сентября на I съезде по семейному воспитанию Бехтерев выступал с докладом «Об эволюции психики ребенка». Чтобы получить возможность изучать развитие психики не только у здоровых, но и у больных детей, при Психоневрологическом институте была организована и Воспитательная школа для детей с пониженной успеваемостью, нервных и слаборазвитых детей (Надеждинская улица, дом № 18). В школе учились дети в возрасте от 7 до 17 лет с различными формами патологии нервной системы. Часть из них размещалась в созданном при школе пансионате, большинство же учеников жило в семьях. Эта школа, возглавляемая А. Ф. Лазурским, стремилась обеспечить возможно большее развитие психики у больных детей, укрепить их физически, «приохотить» к работе и, если окажется возможным, вернуть их в нормальную школу. При воспитательной школе работали шестинедельные курсы для лиц, интересующихся обучением и воспитанием умственно отсталых детей. Эти курсы посещались учителями, воспитателями, родителями. Уже в 1912 году вышли в свет два первых номера созданного при Психоневрологическом институте научного журнала «Вопросы врачебно-педагогической патологии».

В 1912 году в Психоневрологический институт, учебная база которого значительно расширилась, приняли 1065 слушателей. Общее число обучающихся в институте достигло 2590 человек.

Проявляя колоссальную настойчивость и титаническую трудоспособность, Бехтерев достиг немалых успехов в осуществлении поставленных целей. При этом на его пути, помимо естественных трудностей, встречались и искусственно создаваемые препятствия. Так, в 1912 году он был вовлечен в скандальную историю в связи с созданием Экспериментально-клинического института по изучению алкоголизма, которая отняла у него немало энергии и сил.

При создании Экспериментально-клинического института по изучению алкоголизма Бехтерев добился решения о выделении министерством финансов 400 тысяч рублей, необходимых для его строительства и оснащения. Однако к тому времени, когда строительство института уже было завершено, министерство ассигновало на него лишь 250 тысяч. 80 тысяч рублей Совету Психоневрологического института пришлось затратить из своих фондов. Требовались дополнительные расходы на оснащение столь необходимых в научно-исследовательском учреждении лабораторий. В связи с этим Совет принял решение направить министерству финансов запрос на дополнительные ассигнования. К запросу прилагалась объяснительная записка «Об устройстве лабораторий для изучения влияния алкоголя на организм и для исследования алкоголизма в населении». Составление записки поручили сотрудникам Экспериментально-клинического института Горелову и Михайлову. Текст запроса и приложение к нему были одобрены на заседании Совета Психоневрологического института, проходившем под председательством профессора Гервера.

В министерстве финансов запрос и сопровождающая его объяснительная записка были приложены к проекту сметы департамента неокладных сборов и казенных питий и направлены для обсуждения в бюджетную комиссию Государственной думы. Член думы М. Д. Челышев счел нужным передать записку председателю алкогольной комиссии при Обществе народного здравия доктору M. H. Нижегородцеву «для открытого обсуждения с участием компетентных лиц». Такими лицами были признаны физиологи академики А. Я. Данилевский и И. П. Павлов и профессор H. E. Введенский.

Данилевский и Введенский, не вникая особенно глубоко в содержание бумаг, поддержали открытие нового научно-исследовательского учреждения. Павлов, придирчиво изучив текст «Записки», обнаружил в ней две весьма уязвимые фразы: «…Опыт показывает, что алкогольные напитки естественного брожения, не подвергнутые интенсивной обработке (дистилляции), не содержат более 9 % алкоголя, и при обыкновенном их употреблении количество вводимого в организм алкоголя не превышает отношения 1,0 грамм на 1 кг веса, то есть количества, остающегося безвредным…». И далее: «…Но если выяснится факт, что алкоголь является веществом, не чуждым реакциям организма, то не исключена возможность и того, что с течением времени после тщательного изучения вопроса можно будет найти способы употребления алкоголя без всякого побочного вредного его действия, соблюдая лишь определенные условия для пользования им».

Павлов дал на «Записку» разгромный отзыв. Рецензент высказался в том смысле, что вред алкоголя давно известен и изучать его не следует. 26 апреля 1912 года «Записка» обсуждалась на заседании алкогольной комиссии. «Для чего при изучении влияния алкоголя на живой организм требуется учреждение целого естественного факультета? Что значат слова «беспристрастное изучение»? Может ли оно быть беспристрастным, если ведется на деньги казенной палаты питий?» — задавал вопросы Павлов. А некие доктора Сажин и Мендельсон высказались даже о том, что организаторы Экспериментально-клинического института намерены обосновать спаивание населения России. Манипулируя с цифрами, содержавшимися в «Записке», эти два «критика» утверждали, что ее авторы полагают допустимым употребление водки из расчета грамм алкоголя на килограмм веса тела. Иными словами, у них получалось, что «Записка» как бы разрешает человеку выпивать ежедневно — без вреда! — примерно стакан водки. Нечего и говорить, что это была злонамеренная фальсификация. Член Государственной думы Челышев чувствовал себя героем-обличителем. Он витийствовал, громя Экспериментально-клинический институт.

Бехтерев высказал удивление стремлению подозревать какие-то подвохи и недобросовестность со стороны организаторов первого в Европе института по изучению алкоголизма. Он доказывал, что «на борьбу с алкоголизмом надо выходить не с голыми руками, не с проповедью, а во всеоружии», говорил, что институт является и лечебным учреждением, амбулаторию которого уже более полугода посещали сотни больных, желающих излечиться от тяжкого недуга. Заканчивая выступление, он отметил, что в обсуждении «Записки» на Совете Психоневрологического института ему участия принять не удалось, и признал неудачность некоторых формулировок в ее тексте. Малоприятная эта история тянулась еще несколько месяцев. В конце концов она завершилась, как и следовало ожидать, установлением непреложной истины: разумеется, ни Экспериментально-клинический институт, ни кто-либо из его сотрудников потворствовать алкоголизму не намеревался. Был и положительный момент во всей этой дискуссии: она показала, что изложение научных истин требует четкости и строгости в формулировках.

Еще больше, чем споры вокруг Экспериментально-клинического института, внимание общественности столицы в 1912 году занимали студенческие волнения.

Еще в январе 1912 года «учебную забастовку» объявили студентки Женского медицинского института. Причиной забастовки стало назначение министерством просвещения нескольких профессоров и преподавателей вопреки никем не отмененному закону о выборности преподавателей высших учебных заведений, принятому в 1906 году. Ректор института С. С. Салазкин отказался принимать против студенток какие-либо карательные меры, считая их протест справедливым. Тогда министр просвещения Кассо предложил ему подать в отставку. Это вызвало новую волну возмущения со стороны студенток и преподавателей. В результате по распоряжению Кассо из института были исключены 1237 человек. Занятия в институте возобновились лишь к осени, после того как под давлением общественности 1220 студенток вернулись в его стены. Во время забастовки Бехтерев вместе с большинством членов Совета этого института отстаивал права и интересы бастующей молодежи.