К многочисленным обязанностям Владимира Михайловича добавилось руководство новым учреждением. Его задачи Бехтерев определял как изучение мозга и человеческой личности в условиях ее правильного развития. К работе там Бехтерев привлек выдающихся специалистов: академика А. Я. Данилевского, профессоров В. И. Вартанова, В. М. Нарбута, А. А. Крогиуса, В. П. Кашкадамова и многих других. Обязанности хранителя созданного при институте музея мозга возложили на Е. Н. Павловского. Позже его сменил В. Н. Тонков.

Институт по изучению мозга и психической деятельности состоял из четырех отделов: мозга, психологии и рефлексологии, воспитания, труда; в нем были организованы лаборатории: анатомии мозга, физиологии мозга, биохимии мозга, бактериологии, экспериментальной психологии, рефлексологии, школьной, умственной и нервной гигиены, а также лаборатория психотерапии с амбулаторией.

Вскоре после создания Институт по изучению мозга и психической деятельности стал одним из крупнейших научно-исследовательских учреждений страны. Здесь под редакцией Бехтерева стал издаваться журнал «Вопросы изучения и воспитания личности». Первый номер, вышедший в конце 1919 года, открывала статья Бехтерева «Основные задачи рефлексологии физического труда». В ней, в частности, говорилось: «Русская революция раскрепостила пролетариат, дала ему права, улучшила его материальное положение, но не создала еще соответствующей обстановки и условий для труда; и теперь настал момент сказать, что труд должен быть облагорожен во всех отношениях, не исключая и его обстановки.

Но мало этого, нужно еще заинтересовать рабочего в самом труде, ибо интерес, представляющий собою особое эмоциональное состояние с положительным характером, является одним из важнейших стимулов, способствующих успешности труда. Создать не только экономическую, но и моральную заинтересованность рабочего в труде является поэтому важнейшей задачей народного хозяйства».

В то время, когда иные из интеллигентов надеялись на реставрацию капитализма, а кое-кто из них вздыхал о монархии, Бехтерев заявлял: «Прошлое России… кануло в вечность, и возврата к нему нет. На смену великой России… мы будем иметь великую федерацию народов, объединенных той же Россией, в которой каждый народ, будучи свободным, будет чувствовать себя равным братом в своей семье».

Наличие в Петрограде двух университетов в 1920 году было признано нецелесообразным. Второй Петроградский университет, состоявший из учебных подразделений Психоневрологического института, решили реорганизовать. При этом его юридический и педагогический факультеты передали 1-му Петроградскому университету. Несколько позже педагогический факультет был преобразован в педвуз педологии и дефектологии, а в дальнейшем он слился с Педагогическим институтом имени Герцена. Фармацевтическое и. ветеринарно-зоотехническое отделения 2-го Петроградского университета обрели самостоятельность и были преобразованы в химико-фармацевтический и зоотехнический институты. На базе медицинского факультета тогда же возник Государственный институт медицинских знаний (ГИМЗ) — ныне Санитарно-гигиенический институт. В ГИМЗе и в Петроградском медицинском институте, созданном на базе бывшего Женского медицинского института, Бехтерев возглавил организованные им кафедры рефлексологии.

В 1921 году Институт по изучению мозга и его деятельности, Психорефлексологический институт, Детский обследовательский институт, Отофонетический институт, Институт социального воспитания, впоследствии влившийся в педагогический институт имени Герцена, Воспитательно-клинический институт и другие научные учреждения Психоневрологического института — всего 15 научно-исследовательских институтов — были объединены в Психоневрологическую академию. Это единение многих разнопрофильных институтов было обусловлено стремлением к комплексному изучению проблем развития, строения и функции нервной системы человека, методов воспитания личностей, которые могли бы обеспечить высокий моральный уровень человечества и содействовали избавлению его от бескультурья, войн, нищеты и болезней.

По уставу, утвержденному Наркомпросом, Психоневрологическая академия имела действительных членов, почетных членов, членов-сотрудников, членов-корреспондентов. Руководящим органом академии являлась конференция. Ею из действительных членов избирался постоянно действующий исполнительный орган — президиум. На организационном заседании президиума конференции избирался президент, который фактически являлся главой академии и осуществлял повседневное правление ею, решая массу организационные, финансовых, кадровых, научных и других вопросов жизни этого своеобразного синдиката научно-исследовательских учреждений. Президент академии по уставу избирался на три года. Со дня создания Психоневрологической академии и до конца своей жизни Бехтерев был бессменным президентом Психоневрологической академии и директором наиболее крупных из входящих в нее объектов — Института мозга и Психорефлексологического (позже Патолого-рефлексологического), института.

Как и большинству жителей Петрограда, в период революций и гражданской войны Бехтереву пришлось пережить немало трудностей. В большом особняке на Каменном острове стало холодно, голодно и пусто. Еще недавно заполнявшая его большая дружная семья распалась. Ставшая суверенным государством в результате революции, Финляндия закрыла свои границы. И по ту сторону кордона оказалась Наталья Петровна, которая из-за болезни постоянно жила на даче «Тихий берег». Уехала в Прагу к чешскому врачу — своему мужу дочь Ольга. С отцом осталась лишь младшая дочь, Маша. Еще жил у брата Николай Михайлович, взявший на себя часть домашних хлопот. Его гражданская война застала на бех-теревской даче в Туапсе, и он навидался всякого, когда по черноморским берегам прокатились сменявшие друг друга разномастные «белые», «черные» и всякие иные банды. Полноправным членом семьи была и много лет прожившая в доме прислуга.

Бытовых трудностей стало поменьше после того, как по настоятельной просьбе М. Горького В. И. Ленин распорядился о мерах по улучшению положения наиболее заслуженных ученых и писателей Петрограда. 31 января 1920 года состоялось открытие Дома ученых, в котором ученые и писатели могли найти то, чего были лишены у себя дома (тепло, свет, еду) и что создавало им возможности для работы. При Доме ученых в Петрограде была создана Комиссия улучшения быта ученых (КУБУ), возглавляемая М. Горьким, которому активно помогали в этой работе его жена актриса М. Ф. Андреева, академики С. Ф. Ольденбург и А. Е. Ферсман, начальник Военно-медицинской академии В. Н. Тонков и другие. Ученым и писателям Петрограда выделили 1800 академических пайков, включавших ржаную муку, сахар, жиры, рыбу, соль, мыло, табак и спички. Большим подспорьем стал академический паек и в доме Бехтерева.