Куда? «Зазеркалье» не параллельный мир в привычном его понимании, а зеркало не телепорт и не дверь. Хотя, если имеется в виду не физическое перемещение… Коппелиус может «наведываться» в зеркала, назовем это так. Плюс еще существуют механизмы перемещения между зеркалами.

Что за тени появляются в прологе во время встречи Коппелиуса и Аретти?

Аретти же не первый, к кому пришел доктор. К тому времени у Коппелиуса собралась неплохая «коллекция похищенных».

А в комнате полной зеркал, где одно отражение накладывается на другое, да еще и Коппелиус принес свое собственное зеркало — не удивительно, что они встретились.

А правда, что Томка Кошкина — родственница того самого майора Кошкина из «Блокады»?

Да, правда. Она об этом даже говорит прямым текстом.