Ученики и преемники Лютера подвергли критике его формулировку догмата о грехопадении. То, что человек обладал естественным правом и способностью делать добро в соответствии с заповедями Десятисловия, Лютер на склоне лет признал. Из этого следовало, что природа человека все же не так испорчена, как утверждалось в спорах об отпущении грехов с католиками. Моральные ценности Десятисловия защищал также Меланхтон, считавший его предварительным, но необходимым для христианина этапом оправдания. Ученик Лютера Иоганн Агрикола проповедовал в Виттенберге, что Евангелие прощает грехи как некий новый абсолютный закон, освобождая от следования Десятисловию. Отрицая роль Закона в спасении, подобно анабаптистам, он учил, что истинное раскаяние не может возникнуть из невыполнимых Десяти заповедей, но опирается только на проповедь любви. Позиция противопоставления Закона и Евангелия (антиномизм) породила споры, которые Лютер пытался уладить в сочинениях «Disputationes» и «Wider die Antinomer», где показывал вечность и неотменяемость законов Моисея. Изгнанный из Виттенберга, Агрикола стал придворным проповедником в Берлине, и антиномистские взгляды продолжали бытовать в лютеранстве.

Развитие событий Реформации требовало ревизии догматики. В соответствии с заключенным в ходе войн с императором перемирием (1548) саксонским протестантам были предписаны литургия и организация, приближающиеся к католическим на том основании, что церковные обряды и структуры относятся к «нейтральным вещам» (лат. adiaphora, греч. йбшрора). Эту позицию редакторов перемирия, в числе которых был и Агрикола, подразумевавшую, что религию можно разделить на ценностные уровни, поддержали Филипп Меланхтон и его ученики. От имени «подлинных лютеран» (gnesiolutheranes) с критикой «филиппистов» выступил Матиас Флациус (1520–1575). Он считал, что в период преследований со стороны врагов Евангелия не следует им уступать даже в тех вещах, которые в Писании не являются ни обязательными, ни запретными, т. е. сами по себе нейтральны. Он провозгласил: «Nihil est adiaphoron in casu confessionis et scandali» («Не бывает нейтральных вещей, когда речь идет о конфессии и соблазне»), и спор профессоров виттенбергского университета привел к формированию в Саксонии двух школ — филиппистской с центром в Виттенберге и гнесиолютеранской с центром в университете Иены.

Следующим источником разногласий в теологии лютеран было выступление в печати пастора и профессора Андреа Осиандера (1498–1552) в Кенигсберге с трудом «De Justificatione» против положения Лютера о спасении верой. Он не признавал, что источником оправдания являются события Страстей, происходившие пятнадцать веков назад, и полагал, что главное — мистическое перемещение Христа в сердце человека благодаря вере. Оправдание он рассматривал как наделение человека праведностью и святостью в действительности, что не соответствовало догмату Лютера о греховности человека. Иде и Осиандера опирались на отвергнутые большинством реформаторов представления о возможности внесения в душу человека свойств извне; их энергично критиковали как филипписты во главе с Меланхтоном, так и гнесиолютеране. Высказанное Меланхтоном положение о том, что перемещение Христа в душу верующего является следствием, а не источником оправдания, дало импульс обновлению теологических споров, которые разрешились впоследствии в пользу партии филиппистов.

Ученик Меланхтона Георг Майор (1502–1574), профессор Виттенбергского университета, поднял проблему добрых дел, которые, по его мнению, необходимы для спасения, хотя люди могут быть оправданы и без них. Восстанавливая в протестантской теологии понятие заслуг, характерное для католической доктрины, он, вопреки Лютеру, полагал оправдание зависимым от последующего обретения верующим святости. Защищая наследие Лютера, его верные сподвижники Николас фон Амсдорф (1498–1565) и Флациус обвинили Майора в ереси папизма, допускавшего свободу воли, и пелагианства, т. е. возможности преодолеть грех. В полемике они стали утверждать, что добрые дела не только не заботят Бога, но и вредны для спасения.

Затем в лютеранстве вновь была поднята проблема синергизма — сотрудничества человека и Бога в деле спасения, которую в свое время решительно осудил Лютер. Источник спора крылся, как и в предыдущих дискуссиях, во взглядах Меланхтона. В переработанных «Loci communes» он определил свободу воли как «способность человека к усвоению благодати», поскольку Бог, по его мнению, не действует без учета склонности человека. Эта восходящая к Эразму позиция вдохновила Иоганна Пфеффингера, профессора Лейпцигского университета, в работе «О свободе воли» сделать вывод, что «в нас существует нечто, побуждающее одних согласиться на спасение, а других — не согласиться». Ему возразили Амсдорф и Флациус; последний открыто критиковал Меланхтона в диспуте с филиппистом Викторином Стригелием. Он утверждал, что обращение верующего не предполагает пассивности, как у камня, но учитывает строптивость грешника. Благодать нисходит на тварного человека, который к ней не стремится, но противится. Более того, Флациус утверждал, что после грехопадения Адама первородный грех перемещается из акциденции человека в его субстанцию, чего в учении Лютера не было.

Внутренние разногласия в лютеранстве привели к тому, что гнесиолютеране отказывали филиппистам в праве считаться приверженцами «Аугсбургского вероисповедания», и это весьма насторожило протестантских князей, заинтересованных в церковном единстве. Под их давлением было составлено «Франкфуртское отступление», где, в память о Меланхтоне, стороны договорились считать три христианских Символа веры, а также «Аугсбургское вероисповедание» и «Апологию» подлинно доктринальными документами. Однако вскоре гнесиолютеране выработали «Веймарское опровержение», а филипписты — «Корпус христианской доктрины» с собственными дополнениями к принятому договору. Дело примирения, которое опять не состоялось, продвинулось, когда герцог Вюртембергский, обеспокоенный распространением в своих владениях кальвинизма, поручил профессору Якобу Андреэ (1528–1590), канцлеру Тюбингенского университета, согласовать позиции гнесиолютеран и филиппистов. Он создал «Христианские проповеди» (1573), суммировавшие расхождения сторон. Это произведение получило признание в Саксонии не только благодаря литературным достоинствам. К тому времени филипписты, разделявшие трактовку евхаристии Кальвином, были обвинены в тайном кальвинизме и утратили авторитет во владениях саксонских курфюрстов, а из герцогской части Саксонии изгнали гнесиолютеран, т. е. состав приверженцев лютеранства стал более однородным. После длительных консультаций со многими коллегами текст Якоба Андреэ обсуждался на двух теологических конференциях и был использован для составления «Формулы согласия» (1577). Автор распределил в 12 статей положения, которые в течение 40 лет вызывали теологические столкновения (первородный грех, свобода воли, оправдание верой, добрые дела, евхаристия, нейтральные вещи, отношения Закона и Евангелия и др.). В каждой статье излагалась суть разногласий, фиксировалось «чистое и соответствующее Божьему Слову учение», затем отбрасывалось как «заблуждение» то, что противоречило ему. В 1580 г. в качестве канона лютеранства была утверждена «Книга согласия», сформированная из трех христианских символов веры, «Аугсбургского вероисповедания» и его «Апологии», Шмалькальденских артикулов, трактата Меланхтона «О власти и примате папы», Большого и Малого катехизисов Лютера и «Формулы согласия».

«Формулу согласия», которую подписали более восьми тысяч теологов, приняли в 51 княжествах и 38 городах, т. е. в большей части евангелических немецких территорий. Сплотив лютеран, она углубила расхождения с цвинглианцами и кальвинистами, поскольку осудила их совместные положения о таинствах, выраженные в «Цюрихском соглашении» (1549). Расхождения между конфессиями, возникшими в период Реформации, упрочились, и это сказалось на усилении влияния кальвинизма в немецких землях — Вюртемберге и Бранденбурге. Цюрихский пастор Рудольф Хоспиниан в книге «Concordia discors» (1607) обратил внимание на негативные последствия «Формулы согласия» с точки зрения тех, кто продолжал надеяться на объединение реформированных церквей. Лютеранская ортодоксия, которая направляла церковное строительство, вплоть до Тридцатилетней войны (1620–1648) в большей степени отличалась антикальвинистской направленностью, чем антиримской.

На основе «Формулы согласия» происходило доктринальное развитие лютеранства за пределами тех вопросов, которые отныне считались окончательно решенными. Утвердился интерес к исследованию боговдохновенности Писания (которое рассматривалось как неприкосновенный текст, вплоть до знаков древнееврейской орфографии в Ветхом Завете), а также к догматам о двух природах Христа, вездесущности тела Христова, вопросам о соотношении видимой и невидимой церкви, различии фундаментальных и нефундаментальных артикулов веры. Используя категории Аристотеля, лютеранская ортодоксия показала себя в этих исследованиях не менее педантичной, чем схоластика.