Заботясь об опеке над христианскими душами, о воспитании и перевоспитании верующих по евангельским нормам, Мартин Буцер в каждом приходе создавал тесно сплоченные небольшие коллективы ревностных обращенных верующих, поддерживавших взаимное религиозное воодушевление. Это изобретение страсбургского реформатора впоследствии успешно применили пиэтисты XVII в., методисты XVIII в. и ряд движений так называемого «внутреннего миссионерства», характерного для протестантских конфессий в XIX в.

Понятие о церкви как о союзе верующих было у Буцера существенно дополнено понятием о церковном учреждении, которое распределяет божественную благодать. Божественное Слово и таинства рассматривались им как инструменты благодати и каналы Святого Духа, по которым нисходят на верующих невидимые дары Бога. Подчеркивая вместе с лютеранами важность пасторского служения Слову и должности пастора, он настаивал на необходимости и других должностей, установленных в древней христианской церкви, — докторов, дьяконов и старейшин. Эти четыре формы церковного служения требовались членам прихода для поддержания надлежащей церковной дисциплины. В трактате «Об истинном попечении души и правильном пастырском служении» (1538) Буцер определял особую миссию церкви, совершенно отличную, по его убеждению, от функций государства, как бы ни было оно благосклонно к христианству.

Церковь как корпус верующих («тело Христа») обладает, по мнению Буцера, властью наставлять и отлучать недостойных, но не является, как утверждают католики, местом Его постоянного воплощения. Для Цвингли, Буцера и Кальвина христиане — солдаты церковной армии, и ее капитан — Христос. Коллектив верующих вдохновляется Богом посредством Слова и таинств, и если там царят взаимное милосердие и дисциплина, то он уже в миру сплочен невидимым пока Христом. Мобилизуя библейские источники, Буцер доказывал, что церковные служители являются видимыми инструментами Господа. Отсюда и вывод, что местная видимая церковь, действующая по божественным предписаниям и согласно Библии, выполняет божественную миссию. Она приводит к Христу заблудших и «сектантов», помогает падшим, воодушевляет равнодушных, отсекает безнадежно испорченные члены, постоянно храня моральную чистоту христианской общины.

Таким образом, установка Лютера на силу божественного Слова была существенно дополнена у Буцера установкой на силу местного религиозного коллектива, и это сочетание многое определило в кальвинизме, который формировался из пополнения учения Лютера богословскими идеями Цвингли и Буцера.

Для Кальвина тема видимой церкви — наиважнейшая. Выдвинутые Мартином Буцером идеи он точно изложил в «Наставлении», подкрепил дополнительными обоснованиями из отцов церкви и Библии, связал с широким спектром конкретных проблем церковного строительства. Более решительно, чем предшественники, Кальвин настаивал на судебной власти церкви в сфере морали. Дисциплину, которую регламентирует церковь, он считал столь же необходимой для общества, как и государственную полицию, даже если речь идет о христианском государстве: меч государства принуждает и наказывает, а Слово с церковной кафедры заставляет грешника исправиться. В связи с этим подчеркивается важность общественного престижа Консистории, судебного органа церкви. Из Женевской республики благодаря деятельности Консистории были изгнаны инакомыслящие и привлечены единомышленники. Свидетельством связи церкви Женевы с вечной невидимой Церковью был для Кальвина приток в город иммигрантов, покидавших родину по религиозным мотивам. Они устремлялись в «школу Иисуса Христа», которую не покидают христиане, оставаясь учениками на протяжении всей жизни.

Кальвин учил, что истинная вера — это не удел изолированных личностей, ее невозможно обрести вне лона церкви, и подчеркивал сакральное значение деятельности местных религиозных общин. Понятие святости церкви как местного коллектива, сплоченного духовными и материальными обязанностями во имя поддержания христианской моральной дисциплины, составило идейную силу кальвинизма. Кальвинисты впоследствии не вносили особых дополнений в учение Кальвина о церкви, в отличие от его теологической системы, а также политических и социальных установок, которые подвергались непрерывной ревизии.

Кальвинизм распространялся по Европе из городов-республик Швейцарии (немецкой — Цюрих, Берн, Шафгаузен, Сен-Галлен и романской с центром в Женеве), образуя на местах реформатские церкви. В Германии реформатские церкви учреждались мирно, как и лютеранские, при поддержке владетельных лиц, начиная с курфюрста Пфальца Фридриха III, по поручению которого был составлен «Гейдельбергский катехизис» (1563), признанный реформатскими церквами на немецких землях. Однако в других странах Европы кальвинизм вошел в историю как религия гражданских войн и ранних буржуазных революций.

Отличие политических установок кальвинизма от лютеранства было очевидным с самого начала. Цвингли надеялся оружием установить единство протестантов в швейцарских кантонах и пал в сражении с католиками, а Лютер безуспешно, но последовательно был против применения оружия во имя веры. Единственное исключение он делал в отношении светской власти папы на части территории Италии, допуская ее свержение.

Власть государя у Кальвина рассматривается как христианское призвание людей, которым поручено Богом великое служение и которые не связаны законами. Они могут быть святыми людьми или злодеями, но только Бог ставит и низлагает начальствующих. Народу положено рабское повиновение любой форме государственной власти, терпение и упование на Всевышнего, который покарает тиранов своей рукой. Учение Кальвина о религиозном долге властителя раскрывало, каким должен быть идеальный христианский государь, и черты такого идеала он находил у курфюрста Саксонии Иоганна Фридриха Великодушного, английского короля Эдуарда VI, у королевы Наваррской Жанны д’Альбре и у ряда властных персон, выступивших на стороне Реформации. На практике он привлекал к защите интересов реформатской церкви многих королей и князей, которым хорошо знал цену, но надеялся на воспитание достойных правителей из принцев протестантских династий. Во Франции такую надежду подавал наследник из дома Бурбонов принц Генрих Наваррский, сын Жанны д’Альбре, который в итоге гражданских войн взошел на королевский престол в Париже и стал самым популярным французских королем Генрихом IV, но ему пришлось поменять религию, ведь «Париж стоит мессы!»

С середины XVI в. бряцавшие оружием французские дворяне переходили в протестантизм по политическим соображениям и становились политическими гугенотами. Убежденных сторонников кальвинизма, которых называли религиозными гугенотами, объединила во Франции реформатская церковь, которая провела в 1559 г. первый национальный синод, приняв устав в редакции Кальвина. Разразившиеся затем гражданские войны, продолжавшиеся в течение трех десятилетий, разделили французскую нацию на протестантов и католиков, взаимно истреблявших друг друга. Причины этих войн лежали за пределами религии, но религиозная мотивация использовалась протестантскими мыслителями при обосновании политической теории, которая сделала крутой поворот в сторону от установок Кальвина.