Учение этой церкви развивалось под влиянием теологических воззрений их английских единомышленников, а исповедание веры Филадельфийской ассоциации, принятое в 1742 г., было заимствовано из английских исповеданий 1658 и 1689 гг., в которых отражались ряд положений конгрегационалистов. Неотъемлемой частью баптистского культа было пение гимнов во время молитвенных собраний и возложение рук на всех крещаемых. Здесь провозглашалась верность Священному Писанию, которое говорит не от имени какой-либо церкви или земного человека, но от имени своего автора — Бога. Писание определено как единственное, достаточное, надежное и неизменное правило для «спасающего знания, веры, повиновения». Следуя реформатской ортодоксии, исповедание исходило из догматов, принятых Дордрехтским синодом в 1618-19 гг. В борьбе с арминианской идеей всеобщего спасения синод с особой силой подчеркнул доктрину первородного греха и различие верующих перед лицом Бога. В отличие от Лютера и Кальвина, синод решил, что Бог дарует веру одним избранникам, и ввел в протестантскую теологию понятие о Божьем предопределении. Основоположники протестантизма учили, что Бог призывает к себе всех верующих, и в составе видимой церкви грешники находятся вместе с праведниками. Частные баптисты усвоили из конгрегационализма, что каждая церковь состоит из «возрожденных», которые сами определяют свою деятельность, обладая силой и авторитетом для того, чтобы не зависеть ни от какой другой религиозной организации. В исповедании веры они указали, что евангельская церковь состоит из лиц, призванных из царства Сатаны в царство Сына Божьего или же предопределенных к тому, чтобы быть призванными таким образом.

В ходе длительных дискуссий члены Филадельфийской ассоциации приняли положения об истинной церкви. Отличительными признаком церкви были названы правильная организация, посвящение церковнослужителей в сан, церковная дисциплина. Сложилась система принятия в члены общины, контроля за поведением верующих и изгнания из общины. Правила предусматривали изгнание из общины тех, кто вступил в брак с иноверцем, отказывается от хлебопреломления или верит в общее спасение, т. е. они осуждали позиции общих баптистов. В целом эта строгая практика, имевшая сходство с пуританской, называлась практикой так называемого закрытого членства.

Но баптистские церкви росли не только за счет выходцев из Англии, наследников пуританского благочестия. В них вливались и переселенцы с континента, переходили верующие из других протестантских конфессий, и строгие теологические предписания не всегда соблюдались. Наряду с Филадельфийской традицией баптистское вероучение проповедовали церкви с так называемым смешанным членством. В них крещеные дети считались принадлежавшими к той же баптистской церкви, в которой состояли их родители, и допускались к причастию. Когда к началу XIX в. многие штаты приняли законодательные акты, предоставлявшие свободу всем религиям в соответствии с конституцией, это тоже не способствовало укреплению основ церковного протестантизма.

Шествие представителей Союза юных баптистов США. 1931 г.

В период Великого пробуждения наиболее проницательные теологи типа Джонатана Эдвардса убедились, что религиозную активность верующих необходимо направлять определенными вероисповедными принципами, чтобы самодеятельные проповедники не действовали разрушительным образом на церковные учреждения. Успешнее прочих священнослужителей это удалось осуществить баптистским лидерам.

Среди баптистов прочно утвердился принцип «всеобщего священства», и добровольные странствующие проповедники пешком передвигались по стране, считая евангелизацию — распространение слова Божьего — своим религиозным долгом. Когда началось заселение земель на американском Западе, многие из них самоотверженно проповедовали среди местных жителей, строили молитвенные дома, вели благотворительную деятельность. Для подготовки профессиональных миссионеров в 1832 г. было создано Общество внутренней миссии американского баптизма, в котором к концу века состояли 581 000 членов из 7470 церквей. Четкую систему внутреннего миссионерства дополняла работа Генеральной баптистской конвенции, которая с 1814 г. руководила иностранными миссиями. Как и в Англии, не все теологи положительно относились к евангелизации, считали греховными попытки ускорять решения Бога, но раскола эти богословские дискуссии не вызвали.

Баптизм приобретал влияние в американском обществе как церковь, которая имеет организационную структуру, сложившееся вероучение и контроль за соблюдением религиозной дисциплины, но не является официальной. В вероучении присутствовал элемент «обращения», и он включался в систему догматических положений, благодаря которой поведение верующего становилось объектом постоянной церковной регламентации.

Баптистские общины долгое время были единственной легальной организацией негритянского населения на Юге, и поэтому примерно три четверти чернокожих американцев — баптисты. Когда в первой четверти XIX в. усилились антирасистские настроения, среди северян стало расти убеждение в том, что истинный христианин не может быть рабовладельцем. В 1844 г. Генеральная конвенция после обсуждения этой проблемы оставила ее решение на усмотрение христианской совести верующего. Однако Исполнительное бюро Конвенции заявило, что оно не будет назначать миссионером того человека, который имеет рабов и не намерен расстаться со своей собственностью. Оно также обязалось никогда не принимать участия в соглашениях, подразумевающих одобрение рабства. В связи с этим южане в 1845 г. учредили особую Южную баптистскую конвенцию, крупнейшую организацию с незначительным числом чернокожих. Негритянские церкви объединились в 1886 г. в Национальную баптистскую конвенцию.

Раскол среди американских баптистов, вызванный расхождением социальных установок, по-своему отразился на богословских взглядах. Баптистское богословие в начале XX в. подвергло обсуждению ряд важнейших вероисповедных тем по поводу трактовки Библии, свободы воли, концепции евангельской любви, грехопадения и не смогло удержать единства взглядов. Южная конвенция отстаивала прежние принципы, а церкви на Севере переходили на позиции модернистского богословия.

Уже с середины XVIII в. Филадельфийская ассоциация принимала меры для организации религиозного просвещения верующих и подготовки баптистского духовенства, входя в конкуренцию с пуританскими университетами. В 1764 г. начал работать колледж в Род-Айленде, вскоре открылись богословские институты в Денвере и Ньютоне, возникли ряд учебных заведений для юношей и девушек, субботние школы. Для координации учреждений сложной системы баптистского образования были созданы Образовательное общество баптистов Америки (1888) и Союз юных баптистов Америки.

Численность приверженцев баптизма в США с середины XIX в. неуклонно росла, опережая другие конфессии и превышая динамику роста народонаселения. По вероучительным мотивам разделились не только общие и частные баптисты, процесс пересмотра вероучения вызвал появление так называемых «нерегулярных» баптистов: Баптистской церкви Христа (1708), Баптистов седьмого дня (1740), Баптистов свободной воли (1780) и др. Доктринальные расхождения между ними были не настолько велики, чтобы они могли выделиться в новую самостоятельную конфессию, это произошло в 1844 г., когда из баптизма выделился адвентизм. К началу XX в. баптистская церковь заняла ведущее место среди протестантских церквей страны, обрела высокий социальный престиж.