Воинствующие проповеди Мельхиора Гофмана (1495–1543), меховщика и самоучки в богословии, были направлены против «нечестивцев» — папы и императора. Недовольные имперской политикой местные власти разрешали Гофману проповедовать в городах Прибалтики, Скандинавии, Нидерландов, долины Рейна. В 1530 г. в группе анабаптистов Страсбурга он принял повторное крещение, и его последователи ожидали начала установления «миллениума» — тысячелетнего царства Христа с центром в Страсбурге. У заключенного в тюрьму проповедника особенно много последователей было из голландцев.

Наибольшее впечатление на всю Европу произвело учреждение анабаптистами коммуны в Мюнстере. Проведением церковных реформ в этом вестфальском городе руководили последователи Гофмана, сюда прибыли многие анабаптисты из регионов Германии и Нидерландов. В городе, провозглашенном небесным Иерусалимом, Ян Лейденский правил в 1534–1536 гг. под титулом «Царь справедливости», пытаясь устроить новую жизнь по предписаниям Ветхого Завета. Были отменены католические и протестантские обряды, проведен ряд уравнительных мер, введена полигамия. После расправы с Мюнстерской коммуной ее уцелевшие участники пополнили другие анабаптистские группы.

Одновременно с проповедями о приближении тысячелетнего правления Христа на земле в Нидерландах выступил Ян ван Батенбург (1495–1538). Он провозгласил себя пророком Илией, готовившим возвращение Христа к людям. Выступления его последователей с разрушением храмов, обобществлением имущества и полигамией после казни пророка продолжались.

Насильственные методы учений Яна Лейденского и Яна ван Батенбурга осудил голландский проповедник Давид Йорис (1501–1556). Его визионерский опыт и сочинения учили не связывать личную веру с официальным культом, призывали к терпению и умению выживать в условиях гонений за веру. Он считал, что христианство и институт власти несовместимы, а избавление мира от зла и пороков обеспечит религия. Попытки Йориса сплотить анабаптистские группы не удались. Ускользнув от преследований, он завершил жизнь в протестантском Базеле, продолжая поддерживать тайные контакты с анабаптистами. Одновременно он открыто выступал за веротерпимость в защиту философа Мигеля Сервета (1511–1553), узы личной дружбы связывали его с гуманистом Себастьяном Кастеллионом (1515–1563) и радикальным реформатором Каспаром Швенкфелъдом (1490–1561). Когда тайна одиозного ересиарха обнаружилась, протестантские власти города 13 мая 1559 г. устроили мрачную церемонию: прах Йориса и его книги торжественно прокляли и сожгли. Общины «давидийористов» сохранялись в северо-немецких землях в XVII в.

Мирное направление анабаптизма, настаивая на разрыве отношений между церковью и государством, формировалось в общинах «братьев», осуждавших мирские интересы, насилие, политические учреждения и обязанности. Из Швейцарии эти идеи распространялись по немецким землям среди различных слоев населения, в особенности среди клириков и гуманистов. Под влиянием деятельности нидерландского теолога Менно Симмонса (1496–1561) в движении развивались церковные начала. Однако в протестантской церкви меннонитов сохранились крещение взрослых и отказ от воинской повинности по религиозным убеждениям. Веру анабаптистов сохранили до наших дней меннониты, гуттерские братья, баптисты и квакеры.

Основные принципы анабаптизма сложились под влиянием идей Реформации, хотя анабаптисты в значительно большей степени, чем протестанты, использовали наследие средневековых мистических учений. Признавая авторитет Писания и положение о всеобщем священстве, они настаивали на строгом отделении избранников от отверженных в земной жизни. Предполагалось, что в общинах «святых» христиане изолируют себя от мира зла, т. е. государственной и правовой регламентации жизни верующих. К анабаптистам тянулись низшие слои населения, которых привлекали к этому учению утопические искания социальной справедливости.

Вместе с тем гуманистической интеллигенции импонировал свободный подход к толкованию Писания, не связанный догматами протестантизма. Мистические представления о святости природы человека, слиянии души с Богом и Бога с миром подрывали догматы церковного христианства. Требуя восстановить идеалы первоначального христианства, сосредоточить веру не на обрядах и догматах, а на внутренней жизни человека, защитить свободу христианина, подавляющее большинство анабаптистов критиковали или отвергали учение о троичности Бога, поэтому их также называли антитринитариями.

Ряд радикальных реформаторов пропагандировали принципы анабаптизма, отстаивая их преимущества по сравнению с ортодоксальным протестантизмом; этому посвятили свои сочинения Андреас Карлштадт, Ганс Денк, Людвиг Гетцер, Каспар Швенкфельд. Анабаптистское движение демонстрировало весьма значительные масштабы «диссидентской» религиозной мысли. Не случайно, что в философской культуре позднего Возрождения актуализировалась проблема ереси. Вскрывая условность и несовершенство понятия ереси и осуждая правовую практику, согласно которой еретик приравнивался к вору и убийце, с теоретической реабилитацией анабаптизма выступал философ-пантеист Себастьян Франк. Философ-неоплатоник Мигель Сервет, один из самых ярких представителей антитринитарной мысли XVI в., обвинявшийся в анабаптизме, отстаивал свободу религиозного выбора. Казнь Сервета в протестантской Женеве вызвала волну общественного негодования в Европе, и в «Трактате о еретиках», защищавшем Сервета, группа гуманистов энергично защищала принципы веротерпимости и свободы совести, получившие дальнейшее развитие в религиозно-философской литературе Нового времени.

Радикальные реформаторы унаследовали от средневековых мистических и милленаристских учений враждебность к церковным институтам, осуждая сотрудничество протестантских конфессий со светскими властями. Массовый характер революционному анабаптизму (Томас Мюнцер, Мюнстерская коммуна) и мирному анабаптизму в Швейцарии, Южной Германии и Нидерландах придавали представители беднейших категорий населения. Анабаптисты подвергали пересмотру христианскую догматику, в частности догмат о Троице, однако наименование антитринитариев закрепилось не за массовыми радикальными выступлениями верующих, а за особым направлением в религиозно-философской мысли эпохи Реформации. В отличие от анабаптизма, получившего распространение по всей Европе, мыслители-антитринитарии появились лишь в отдельных странах — в Испании (Мигель Сервет) и Италии (Лелио и Фаусто Соццини, Бернардино Окино), а также в Трансильвании, Польше и Литве. Антитринитарные взгляды вырабатывали религиозные философы, выступившие с оригинальной христологической концепцией, направленной на отрицание догматики любой церкви.