Тем не менее, многие христиане долгое время продолжали верить, что еврейский народ признает Иисуса Мессией. Сильный удар этим надеждам нанесло признание Мессией руководителя последнего национально-освободительного антиримского восстания Бар Кохбы (около 132 г.).

Судя по дошедшим письменным памятникам, начиная со II века антииудаизм в христианской среде возрастал (Послание Варнавы, Слово о Пасхе Мелитона Сардийского, а позднее некоторые места из творений Иоанна Златоуста, Амвросия Медиоланского и некоторые др.).

Спецификой христианского антииудаизма стало повторяющееся с самого начала его существования обвинение иудеев в Богоубийстве. Назывались и другие их «преступления» – упорное и злонамеренное отвержение ими Христа и его учения, образ и стиль жизни, профанация Святого Причастия, отравление колодцев, ритуальные убийства, создание прямой угрозы для духовной и физической жизни христиан. Утверждалось, что иудеи, как народ проклятый и наказанный Богом, должны быть обречены на «унижающий их образ жизни» с тем, чтобы стать свидетелями торжества христианства.

После Миланского эдикта (313 год) императоров Константина и Лициния, провозгласивших политику официальной терпимости к христианам, влияние Церкви в империи неуклонно возрастало. Становление Церкви как государственного института влекло за собой социальную дискриминацию иудеев, преследования и погромы, совершавшиеся христианами с благословения Церкви или инспирировавшиеся церковной иерархией.

В 1096 году был организован Первый крестовый поход, целью которого было освобождение Святой земли и Гроба Господня от «неверных». Начался же он с уничтожения крестоносцами ряда еврейских общин Европы. Немалую роль в предыстории этой резни сыграла антиеврейская пропаганда погромщиков-крестоносцев, основанная на том, что христианская церковь, в отличие от иудаизма, запрещала давать в долг под проценты.

Ввиду подобных эксцессов около 1120 папа Калист II издал буллу Sicut Judaeis («И так к иудеям»), излагавшую официальную позицию папства в отношении евреев; булла имела целью защитить евреев, пострадавших в ходе Первого крестового похода. Булла подтверждалась и рядом позднейших понтификов. Начальные слова буллы были первоначально использованы папой Григорием I (590–604) в его письме епископу Неаполя, которое подчеркивало право евреев «пользоваться их законной свободой».

IV Латеранский собор (1215 г.) потребовал от евреев носить на одежде специальные опознавательные знаки или ходить в особых головных уборах. Собор не был в своем решении оригинальным – в странах ислама власти предписывали и христианам и евреям исполнять точно такие же установления.

В XVI веке, сперва в Италии (папа Павел IV), затем и во всех странах Европы были созданы обязательные для поселения этнических меньшинств резервации – гетто, которые отделяли бы их от остального населения. В эту эпоху особенно свирепствовал клерикальный антииудаизм, который отражался прежде всего в церковных проповедях. Основными распространителями подобной пропаганды были доминиканский и францисканский монашеские ордена.

Средневековая инквизиция преследовала не только «еретиков» христиан. Репрессиям подвергались и обращенные (часто насильно) в христианство евреи (марраны), и христиане, нелегально обращающиеся к иудаизму, и еврейские миссионеры. Широко практиковались в то время так называемые христианско-еврейские «диспуты», участие в которых для евреев было принудительным. Заканчивались же они или принудительным крещением, или кровавыми расправами (в результате были убиты тысячи евреев), конфискацией имущества, изгнанием, сожжением религиозной литературы, полным уничтожением целых еврейских общин.

В Испании и Португалии были введены расовые законы об «исконных христианах». Были, однако, и христиане, со всей решительностью выступавшие против этих законов. Среди них были святой Игнатий Лойола (ок. 1491–1556), основатель ордена иезуитов, и святая Тереза Авильская.

Официальное отношение католической церкви к евреям и иудаизму изменилось начиная с периода понтификата Иоанна XXIII (1958–1963). Иоанн XXIII был инициатором официальной переоценки отношения католической церкви к евреям. В 1959 г. папа распорядился, чтобы из читаемой в Страстную пятницу молитвы были исключены антиеврейские элементы (например, выражение «коварные» применительно к евреям). В 1960 г. Иоанн XXIII назначил комиссию кардиналов для подготовки декларации об отношении церкви к евреям.

Перед своей смертью он также составил покаянную молитву, которую назвал «Акт раскаяния».

«Мы сознаем теперь, что многие века были слепы., что не видели красоты избранного Тобой народа, не узнавали в нём наших братьев. Мы понимаем, что клеймо Каина стоит на наших лбах. На протяжении веков наш брат Авель лежал в крови, которую мы проливали, источал слезы, которые мы вызывали, забывая о Твоей любви. Прости нас за то, что мы проклинали евреев. Прости нас за то, что мы второй раз распяли Тебя в их лице. Мы не ведали, что творили».