В сентябре 1952 г. выходит правительственное решение (за подписью И.В. Сталина) о строительстве первой ядерной энергетической установки для ВМФ. Н.Г. Кузнецов поручает адмиралу Н.Д. Сергееву выбрать удобное место для строительства завода по сборке первой атомной подводной лодки в районе Северодвинска. Уже после смерти И.В. Сталина Н.Г. Кузнецов в 1954 г. вместе с В.А. Малышевым и А.П. Завенягиным рассматривает проекты атомной подводной лодки и утверждает проект, согласованный с требованиями ВМФ, после чего вносятся конструкторские доработки и ведутся подготовительные работы по проекту первой в Советском Союзе атомной подводной лодки [13] . Как и прежде, он продолжал уделять особое внимание боевой подготовке флотов. Лично проводил регулярные учения флотов в любое время года, где отрабатывалось взаимодействие различных его сил — надводных кораблей и катеров, подводных лодок, авиации, сил береговой обороны и сухопутных войск — и общее управление ими. Огромное внимание, как и прежде уделял он проблемам воспитания кадров [14] .

После смерти Сталина произошла реорганизация Вооруженных Сил. Военно-Морское Министерство было вновь слито с Министерством обороны. Кузнецов вступил в должность Первого заместителя министра обороны СССР — главнокомандующего ВМС с 16 марта 1953 г., согласно Постановлению СМ СССР № 783.

Полный планов, он с новой силой и энергией принялся за разработку десятилетней программы военного кораблестроения. Еще в 1951 г. он записал «Требовался резкий скачок в сторону новой техники, не говоря уже о количестве…» [15]

В начале 50-х гг. флот превращался в атомный и ракетный — все это давало, по мнению Н.Г. Кузнецова, возможность «сделать рывок и догнать будущих противников». Облик нового сбалансированного флота был определен в программе военного кораблестроения на 1955–1964 гг., подготовленной под руководством главкома ВМС Н.Г. Кузнецова к весне 1954 г. [16]

Одновременно он добивается решений по установке и испытаниям на флоте первых образцов реактивного оружия и утверждает, как сказано ранее, проект первой в СССР атомной подводной лодки, к строительству которой тогда же и приступают соответствующие организации [17] . В этом отношении главком ВМС высказывает протест Президиуму ЦК КПСС и Правительству против неграмотного проекта первой атомной подводной лодки и ее вооружения. Как показала жизнь, ему этого тоже не простят, даже когда он будет в отставке. Забудут старательно его дела, его помощь, обвинят в непонимании и недооценке атомных подводных лодок.

При рассмотрении проекта Н.Г. Кузнецов выступил против оснащения ее одной единственной гигантской торпедой диаметром 2 м с термоядерным зарядом. «Лодка с таким вооружением флоту не нужна», — таково было его заключение. Оснащение ядерной энергетической установкой позволило лодке находиться в подводном положении практически неограниченное время. Кузнецов обратил внимание на необходимость изучения вопросов подбора и психологической совместимости членов экипажа во время особо длительных походов. Актуальность таких исследований была убедительно показана в процессе подготовки к длительным космическим полетам.

Бывший в то время помощник зампредсовмина Н.А. Булганина адмирал П.Г. Котов рассказывал, как выступал Николай Герасимович [18] . «… Нам атомная подводная лодка нужна, но не такая, как эта, задуманная для уничтожения военно-морских баз и флота в базах. А нам нужна лодка, которая могла бы в морях и океанах, на коммуникациях уничтожать корабли и она же должна быть способна, если потребуется, куда нужно и добираться, и против баз (быть). Но для этого нужна не одна торпеда, должен быть запас, нужны торпеды и с обычным боезарядом, и атомные…»

Выслушав доклад Н.Г. Кузнецова, Президиум ЦК КПСС постановил принять предложения флота, и проект лодки и ее вооружения был переработан.

По его представлению в ВМФ разворачиваются работы по созданию ракетных кораблей ВМС [19] и по вооружению подводных лодок баллистическими ракетами [20] .

Неоднократные попытки Кузнецова добиться Правительственных решений по программе и флотским вопросам к желаемым результатам не приводят.

Наконец, в апреле 1955 г. Кузнецов доложил ее на заседании Президиума ЦК КПСС. Против выступил Хрущев. Главком ВМС честно высказал ему свое возмущение безответственным отношением к флоту со стороны первых лиц государства и, в частности, Хрущева и его окружения.

Из зала заседания Кузнецов вышел бледный, удерживая рукой свое сердце, разрывающееся в груди. День для него закончился в госпитале в прединфарктном состоянии.

Выступление же было расценено Хрущевым как посягательство на его права и авторитет как лидера партии, и вскоре для Кузнецова была заготовлена «волчья яма» [21] .

Обстановка, в которой он работал, ухудшалась… Абсурдность и безысходность ситуации сказались на здоровье. В мае 1955 г. он перенес инфаркт. 26 мая 1955 г. обратился с письменной просьбой освободить его по состоянию здоровья от занимаемой должности. Просьба осталась без ответа. Исполнение обязанностей Н.Г. Кузнецова на время его болезни по его же рекомендации было возложено на вице-адмирала С.Г. Горшкова — бывшего командующего Черноморским флотом. Лечение в больнице, санатории вывели из текущей работы Н.Г. Кузнецова до октября 1955 г.