Опираясь на местные партийные организации и массы трудящихся, Кедров развернул энергичную работу по укреплению партийных и советских органов в Архангельске, Вологде и других городах, Распускались старорежимные городские думы и управы, налаживалась хозяйственная деятельность. Принимались решительные меры к контрреволюционерам и саботажникам. Особое внимание уделялось решению военных вопросов. Оказывалась помощь в формировании, вооружении и подготовке воинских частей и военных комиссариатов, в борьбе с иностранным шпионажем. Большую работу Кедров и его комиссия провели по разгрузке Архангельского порта и организации обороны Архангельска. В результате были сорваны планы английских интервентов по захвату этого города и развертыванию наступления в глубь советской территории.

Яркой страницей боевой работы Кедрова летом 1918 года явилась его деятельность на посту командующего Северным фронтом. Располагая крайне ограниченными силами, действуя в сложной военно-политической обстановке, в лесисто-болотистой местности, почти без артиллерии против хорошо вооруженного противника, Михаил Сергеевич обнаружил недюжинные способности военного руководителя, умело проводил в жизнь указания В.И. Ленина, благодаря чему удалось сорвать первый наступательный порыв английских интервентов. Как писал о развертывании оборонительных мероприятий в районе Архангельска в этот период один из ближайших помощников командующего А.А. Самойло, «…трудно переоценить заслуги, оказанные Кедровым республике в годы северной интервенции».

Находясь в самой гуще послереволюционных событий, являясь их активным участником, М.С. Кедров приобрел опыт государственной деятельности. Этот опыт помог ему с первых шагов его на чекистском поприще.

Комплектование Военного отдела ВЧК проходило не без трудностей. Сказывалась нехватка надежных и опытных кадров. Потребовалась помощь Центрального Комитета партии. В состав Военного отдела был направлен ряд сотрудников ВЧК — членов РКП (б), имевших опыт чекистской работы. В ноябре — декабре 1918 года получили назначение в этот отдел несколько коммунистов, прибывших из военного ведомства и из фронтовых и армейских чрезвычайных комиссий. В своем большинстве это были образованные, знакомые с военным делом молодые люди как, например, А.X. Артузов, инженер-металлург по образованию, который не без основания считал себя учеником М.С. Кедрова, ибо был знаком с ним с гимназической поры, под его личным влиянием пришел в революцию и в ряды партии. Работали в отделе и сотрудники с дореволюционным партийным стажем. Так ветераном был заведующий следственной частью А. В. Эйдук, член партии с 1905 года, прибывший в ВЧК с должности начальника политотдела 6-й армии.

Для М.С. Кедрова было очевидно, что Военный отдел ВЧК не сможет выполнить возложенных на него задач, не завершив своевременно, как предусматривалось резолюцией 2-й Всероссийской конференции ЧК, создания чрезвычайных комиссий во всех объединениях Красной Армии. Кроме того, активный процесс формирования и подготовки новых ее частей и армейских учреждений, развертывание всевобуча трудящихся, осуществлявшиеся по всей стране, обуславливали необходимость иметь военные отделы в губернских чрезвычайных комиссиях. В конце декабря 1918 года по предложению Военного отдела был издан приказ ВЧК о формировании военных отделов при всех губчека. Они должны были вести борьбу с контрреволюцией, шпионажем и должностными преступлениями в частях и учреждениях Красной Армии, располагавшихся на территории губернии.

В результате принятых мер заметно ускорился процесс становления чрезвычайных комиссий в объединениях Красной Армии. Они стали практически действовать на всех фронтах и во всех армиях.

Сложным был вопрос о формах и методах деятельности Военного отдела ВЧК и чрезвычайных комиссий в войсках. Военные чекисты не могли механически переносить на армейскую среду методы работы, применявшиеся сотрудниками губчека. К тому же в ходе дискуссии о ВЧК некоторые из этих методов были поставлены под сомнение. Поэтому М.С. Кедров по рекомендации Ф.Э. Дзержинского стремился разработать такие методы действий военных чекистов, которые вытекали из специфики обстановки в частях и учреждениях Красной Армии, особенностей их комплектования и тактики подрывной работы в военной сфере контрреволюционных организаций и классово чуждых элементов.

Безотлагательного решения требовала и проблема ограждения Красной Армии от проникновения в ее ряды враждебно настроенных к Советской власти бывших офицеров. Не раз обсуждал ее Кедров с сотрудниками Военного отдела. Выход из трудных ситуаций искали вместе.

— Своеобразие данного момента, — говорил однажды в беседе с сотрудниками Михаил Сергеевич, — состоит в том, что в последнее время активность контрреволюционных элементов заметно спала и на первый взгляд они перешли к выжидательной тактике.

— Возможно, что это и так, — поддержал его Эйдук. — Но мне вспоминаются эпизоды, нередко случавшиеся на Северном фронте, когда к англичанам пробивались тайными тропами такие вот сторонники «выжидательной тактики». На поверку оказывалось, что это или ненавидевшие Советскую власть бывшие офицеры, или английские шпионы. И даже после того как их задерживали с поличным, трудно было не только их разоблачить, но даже проверить по месту жительства.

Артузов, пристально рассматривавший карту европейской России, повернулся к Кедрову и как бы про себя произнес:

— Конечно, война, послевоенная разруха и неустроенность сорвали с насиженных мест не только привычных к переездам бывших офицеров, но и более оседлые слои населения. — А затем с некоторой заинтересованностью предложил: — Не настало ли время, пользуясь затишьем на фронтах, навести с позиций ВЧК определенный порядок в учете активной части населения?

— Твоя мысль мне нравится, — заметил Эйдук. — Но реальна ли такая затея? Помнится, что военное ведомство пыталось провести кое-где регистрацию призывных контингентов старого офицерства.