Однако начальник Особого отдела М.С. Кедров вполне осознавал, что практическая оперативная деятельность военной контрразведки немыслима без непосредственной связи с ВЧК и ее органами на местах, нельзя было также обеспечить эффективность борьбы с военным шпионажем, саботажем и преступлениями по должности в Красной Армии без постоянной помощи командования, военных комиссаров, политических органов, армейских партийных организаций.

Повышенная сложность решения стоявших в повестке дня вопросов вызывалась тем, что Троцкий, бывший в тот период председателем Реввоенсовета Республики, всячески препятствовал не только прямому подчинению Особого отдела Всероссийской чрезвычайной комиссии, но даже совместному решению ими некоторых конкретных частных вопросов.

В выработке и реализации правильной, подлинно большевистской линии в этом и без того не простом, но внезапно усложнившемся деле большую помощь М.С. Кедрову оказывали постоянное общение с Ф.Э. Дзержинским, его советы и поддержка.

— Прежде всего, — говорил Феликс Эдмундович, — военная контрразведка Красной Армии предназначена для защиты революции, диктатуры пролетариата, ее детища — первой в мире подлинно народной вооруженной организации пролетарского государства. Военные контрразведки буржуазных армий представляют собой наиболее реакционное звено этих армий и государств, стоят на защите враждебной народу вооруженной силы господствующего класса.

Военная контрразведка Красной Армии призвана вести борьбу со всеми формами подрывной деятельности классового противника, прежде всего буржуазно-помещичьей контрреволюции и ее агентуры, направленной против красных войск, причем проводимой тайно и от этого являющейся особо опасной. А поскольку замаскированные контрреволюционные элементы и тайные шпионы, проникшие в армию, как правило, связаны в своей подрывной работе с тайными контрреволюционными организациями и заговорщиками, орудующими среди населения, то отсюда вытекает, что военная контрразведка Красной Армии может успешно решать свои задачи только в тесной связи с органом защиты диктатуры пролетариата, каким является ВЧК. Создаваемая нами военная контрразведка будет коренным образом отличаться от органов военной контрразведки любой буржуазной армии, которые выполняют задачи подавления в армейских условиях прогрессивных, революционных, демократических элементов и сочувствующих им народных масс, одетых в солдатские шинели. Это особенно ярко продемонстрировали в последние месяцы контрразведывательные службы оккупационных войск бывшей кайзеровской армии.

Мы должны создать такую военную контрразведку, — подчеркивал Дзержинский, — которая бы помогала большевистской партии, командованию, политическим органам в создании сильной кадровой армии, в укреплении ее звеньев, в решении поставленной Владимиром Ильичей задачи иметь Красную Армию в три миллиона человек. Партия потому и осудила как в корне неверные рассуждения статьи Лациса в «Известиях» о том, что якобы ВЧК через особые отделы должна осуществлять надзор за армией. Такое толкование роли военной контрразведки в рабоче-крестьянской армии ошибочно. Оно ведет к противопоставлению одного органа власти пролетарской диктатуры другому. Военная контрразведка должна оказывать в пределах своих полномочий практическую помощь командованию, а не стоять над ним.

М.С. Кедров полностью разделял эти соображения.

— Я согласен с вами, Феликс Эдмундович, — говорил он Дзержинскому. — Хотел бы добавить, что наша военная контрразведка должна действовать рука об руку с военными комиссарами и политическими работниками, с партийными организациями в армии в работе по воспитанию красноармейских масс в духе классовой сознательности, преданности пролетарскому Отечеству, бдительности к проискам контрреволюции.

3 января 1919 года начальник Особого отдела республики М.С. Кедров подписал приказ № 1 об организации и задачах особых отделов. Он был адресован начальникам отделов Военного контроля и военкомам округов, председателям реввоенсоветов фронтов, фронтовым и армейским ЧК, губчека и губвоенкомам. Приказ определял основные задачи особых отделов: «Фронтовые и армейские отделы предназначаются для борьбы с контрреволюцией и шпионажем в частях и учреждениях, действующих на фронте. Окружные и губернские для той же работы — в тылу». Приказом предписывалось немедленно приступить как на фронте, так и в военных округах, в губерниях к слиянию отделов Военконтроля, фронтовых и армейских ЧК и военных отделов местных ЧК и организации на их основе особых отделов фронтов и армий, военных округов и губерний. При организации особых отделов рекомендовалось использовать лучшие силы коммунистов и сотрудников военных ЧК и Военного контроля.

На должности начальников особых отделов фронтов и армий назначались на первое время начальники отделов Военного контроля фронтов и армий. Начальники особых отделов военных округов и губерний назначались по согласованию чрезвычайных комиссий с соответствующим партийным комитетом и утверждались в должности начальником Особого отдела республики. Начальники особых отделов являлись в то же время членами ЧК.

Самостоятельные следственные части при особых отделах не создавались. Все уголовные дела после производства предварительного опроса предлагалось передавать в следственные части чрезвычайных комиссий. На фронтах производство следствия передавалось революционным военным трибуналам. Аресты и обыски разрешалось производить как по ордерам следственных частей ЧК, так и по ордерам начальников особых отделов. При этом каждый раз должно было составляться мотивированное постановление.

В пограничных железнодорожных и шоссейных пунктах предлагалось организовать пропускные пункты особых отделов, возложив на них обязанность по досмотру лиц, следующих через границу или демаркационную линию.

Приказ М.С. Кедрова № 1 сыграл большую организующую роль. Он определил общее направление деятельности и принципиальную организационную структуру особых отделов, сохранявшиеся в своей основе довольно длительное время.

Михаил Сергеевич остро осознавал свою личную ответственность перед Центральным Комитетом партии за создание в кратчайший срок стройного, работоспособного боевого чекистского аппарата в армии и на флоте как одного из условий укрепления Красной Армии и подготовки ее к длительной и напряженной гражданской войне. Чтобы избежать ошибок, Кедров в максимальной мере опирался в решении практических вопросов на опыт ВЧК и помощь Реввоенсовета Республики, а с середины января 1919 года работа особых отделов осуществлялась под непосредственным руководством ВЧК.

При живейшем участии Кедрова были разработаны организационная структура и штаты аппаратов особых отделов сверху донизу, определены функциональные обязанности основных должностных лиц, порядок финансирования и денежной отчетности. По всем этим вопросам были подготовлены разъяснения, которые уже в середине января 1919 года были направлены на места,

18 января 1919 года М.С. Кедров сделал доклад на яседании коллегии ВЧК о ходе работы по формированию особых отделов фронтов, армий и губчека. Коллегия Побрила сделанное и поручила Кедрову и заместителю председателя ВЧК Лацису разработать окончательный проект положения об особых отделах и представить его на рассмотрение и утверждение.