Постановлением Совета рабочей и крестьянской обороны от 8 ноября 1919 года при Народном комиссариате здравоохранения образовалась временно особая Всероссийская комиссия по улучшению санитарного состояния республики в составе пяти членов: из представителей Всероссийской чрезвычайной комиссии, Политического управления Реввоенсовета Республики, Всероссийского совета профессиональных союзов, женотдела ЦК РКП (б) и Народного комиссариата здравоохранения РСФСР, Председателем этой комиссии был назначен член коллегий ВЧК и Наркомвнутдела М.С. Кедров. В мандате, подписанном председателем ВЧК и народным комиссаром внутренних дея Ф.Э. Дзержинским 18 ноября 1919 года, была указано: «Кедров М.С. Командируется полномочным представителем ВЧК в район Заволжья и Западной Сибири с чрезвычайными полномочиями». Эти полномочия М. С, Кедрову были подтверждены постановлением Совета обороны и указаны в мандате, подписанном В.И. Лениным 30 января 1920 года, в котором говорилось, что М.С. Кедров является председателем Всероссийской комиссии по улучшению санитарного состояния республики и что распоряжения комиссии, касающиеся санитарных мероприятий и лечебного дела, являются обязательными для всех военных и гражданских органов.

Принимаемые партией и правительством чрезвычайные меры были вызваны новой опасностью, нависшей над Республикой Советов к концу 1919 года, — эпидемией тифа и других заразных болезней. Она возникла на Восточном фронте, где поспешно отступавшая колчаковская белогвардейщина оставляла в освобожденных городах и селах массу тифозных солдат. Вспышки эпидемий были зарегистрированы и в рядах Красной Армии. Они были вызваны тяжелыми условиями на фронте, недоеданием и недостатком медикаментов. Скученность и грязь на железных дорогах также способствовала быстрому распространению болезней. Сыпной тиф уносил больше человеческих жизней, чем война. Борьба с тифом и заразными болезнями становилась делом большой государственной важности. Указывая на эту новую опасность, В.И. Ленин в докладе на VII съезде Советов подчеркивал: «Товарищи, все внимание этому вопросу. Или вши победят социализм, или социализм победит вшей!»

Все это хорошо сознавал Михаил Сергеевич, который, будучи врачом-эпидемиологом, имел немалый опыт борьбы с эпидемиями еще со времен первой мировой войны.

Энергичная целеустремленность Кедрова проявилась и при выполнении нового задания. Было выработано Положение об улучшении санитарного состояния в Советской Республике. Сформирован, укомплектован специалистами и снабжен необходимым оборудованием и медикаментами специальный поезд особой Всероссийской комиссии по улучшению санитарного состояния республики. Он спешно отправился на восток. 15 ноября 1919 года Ф.Э. Дзержинский и Н.А. Семашко подписали совместный приказ ВЧК и Наркомата здравоохранения «О мерах борьбы с разрухой в санитарном отношении», проект которого был подготовлен М.С. Кедровым. В приказе было сказано: «Ввиду широко развивающейся эпидемии сыпного тифа и других болезней одной из главных задач губчека… должна быть борьба с разрухой в санитарном отношении». Органы ЧК наделялись правом привлекать для проведения этой работы воинские части, население, транспорт и т. п.

С помощью партийных и советских органов и прежде всего чрезвычайных комиссий на местах М.С. Кедров и сотрудники его комиссии проводили большое количество сложных и трудоемких лечебных и санитарно-профилактических мероприятий. Контроль за неукоснительным их осуществлением возлагался на созданный из сотрудников ЧК институт уполномоченных по санитарному делу и специальную разъездную санитарную комиссию.

Борьба с сыпняком оказалась не менее сложной и ответственной, нежели борьба с контрреволюцией. Рассказывая об этих днях, сын М.С. Кедрова, Б.М. Кедров, входивший в состав особой Всероссийской комиссии, в своих воспоминаниях писал: «Начали с Симбирска. Здесь организовали санитарный пункт, дезинфекцию, походную баню-поезд, прачечную и т. д. На станции был наблюдательный пункт для проверки всех отъезжающих в сторону Москвы, то есть на запад… За Симбирском следовали Уфа, потом Курган, Омск, Новониколаевск… Везде вдоль железнодорожного полотна в снегу валялись трупы колчаковских солдат. Госпитали были переполнены тифозными. Врачей и медперсонала не хватало, не хватало рук хоронить умерших. Мы работали день и ночь».

Принятыми мерами удалось к весне 1920 года ликвидировать очаги эпидемии и предотвратить распространение бедствия на центральные губернии Советской России. Опасная угроза отступила благодаря самоотверженности медицинских работников и чекистов во главе с М.С. Кедровым и организованной ими широкой помощи трудящихся.

В марте 1920 года член коллегии ВЧК М.С. Кедров снова в пути. Он направляется на Север в составе правительственной комиссии по расследованию злодеяний интервентов и белогвардейцев в освобожденных Красной Армией Архангельске, Мурманске и прилегающих районах. В течение нескольких месяцев кропотливой работы комиссия собрала обширные, юридически оформленные материалы о кровавых деяниях английских, французских и американских интервентов и их белогвардейских лакеев на советской земле. Эти материалы и в дальнейшем не раз широко использовались во внешнеполитических акциях Советского государства и антиимпериалистической пропаганде.

В 1921–1922 годах М.С. Кедров выполнял поручения Совета Труда и Обороны, а также ГПУ — ОГПУ на Южном Каспии, в Закавказье и на Нижней Волге. В полной мере используя предоставленные ему права уполномоченного СТО и полномочного представителя ГПУ — ОГПУ, он с небольшим аппаратом проделал значительную работу по восстановлению хозяйственной деятельности в этих районах и организации борьбы с контрреволюцией, усилившейся в экономической области с началом нэпа.

Кедров побывал в большинстве промысловых районов Южного Каспия участвовал в налаживании деятельности Южнокаспийского управления рыбных промыслов, предпринимал усилия для увеличения заготовки рыбы и доставки ее в промышленный центр и голодающее Поволжье. Вместе с С.М. Кировым, Н. Наримановым и начальником Азнефти А.П. Серебровским Михаил Сергеевич занимался возрождением нефтедобычи в Баку, организацией транспортировки нефти в центральные районы, а также для нужд торгового флота на Каспии и Нижней Волге.

По инициативе Михаила Сергеевича в Баку было создано бюро содействия нефтяной промышленности, транспорту и Красной Армии, сыгравшее заметную положительную роль в активизации работы местных советских и хозяйственных органов. Аналогичная общественная организация по содействию транспорту была образована Кедровым в Астрахани.

Как полномочный представитель и член коллегии ГПУ — ОГПУ Кедров проанализировал работу азербайджанских и грузинских чекистов, оказывал им помощь в борьбе с контрреволюционными элементами, особенно из местных националистов.