4 мая Эйзенхауэр направил начальнику Генерального штаба Красной армии послание. Подтвердив согласованный ранее рубеж своего продвижения в Чехословакии, он добавил о вероятном выходе американских войск к реке Влтаве, что означало овладение левобережной Прагой. Генерал А.И. Антонов с этим согласиться никак не мог, потому что советские войска уже завершали подготовку Пражской операции. По его мнению, внезапное изменение рубежа встречи с американскими войсками грозило опасностью; наступление навстречу друг другу союзных армий могло привести к жертвам. Аргумент был, несомненно, важен. Но главной тут была невысказанная политическая мотивация: Чехословакия, согласно представлениям советского руководства о национально-государственных интересах СССР, входила в сферу его интересов. Поэтому не менее, чем Черчилль, настаивавший на том, чтобы в Прагу первыми вступили американские войска, советские руководители были заинтересованы в освобождении чехословацкой столицы Красной армией. Эйзенхауэр принял во внимание соображения, изложенные в телеграмме А.И. Антонова, и 6 мая отдал приказ командующему 12-й группой армий генералу Омару Брэдли дальше рубежа Ческе-Будеевице, Пльзень, Карлови-Вари не продвигаться. В посланной А.И. Антонову телеграмме Эйзенхауэр писал: «Полагаю, что советские войска смогут быстро перейти в наступление и разгромить силы противника в центре страны».

Операцию 1-го и 2-го Украинских фронтов намечалось начать 7 мая. 4-й Украинский фронт продолжал наступление, преследуя начавшего отход противника.

В начале мая 1945 года в ряде городов Чехии возникли антинацистские выступления, переросшие в Майское восстание чешского народа. Оно началось стихийно. 5 мая восстала Прага. Желание спасти город от разрушения заставило десятки тысяч горожан выйти на улицы. Они не только соорудили сотни баррикад, но и овладели центральной почтой, телеграфом, вокзалами, важнейшими мостами через Влтаву.

Повстанцы, захватив ряд военных складов и разоружив несколько мелких немецких частей, дислоцированных в Праге, установили контроль над значительной частью города. В первый же день позиции немцев в Праге были серьезно ослаблены. Как представитель революционного движения чешского народа и как доверенный орган правительства Чехословацкой республики, ЧНС взял на себя законодательную и исполнительную власть на территории Чехии, Моравии и Силезии.

Однако ЧНС по-прежнему не координировал действия с советским командованием и даже не установил с ним контакт. К Совету, о котором практически ничего не было известно, не испытывали доверия ни советское командование, увидевшее в нем ставленника Лондона, ни чехословацкое правительство, действовавшее на освобожденной территории страны.

Командующий группой армий «Центр» генерал-фельдмаршал Шернер приказал подавить восстание, которое перерезало основной путь намеченного отхода немцев на запад. 6 мая нацисты, применив против восставших танковые части и авиацию, снова овладели частью города. Восставшие, понеся большие потери, обратились по радио к союзникам за помощью. Как вспоминал маршал Конев, «одновременно мы получили разведывательные данные о том, что немецкий генерал-фельдмаршал Ф. Шернер поспешно стягивает к Праге войска. 5 мая я отдал приказ войскам ударной группировки начать наступление утром 6 мая».

Оказавшись в трудном положении и не зная, скоро ли придет военная помощь со стороны союзников, ЧНС, которому теперь подчинилось и командование «Бартош», вынужден был согласиться на сотрудничество с власовцами. 6 мая дивизия С.К. Буняченко вошла в Прагу. Власовцы шли в бой против вчерашних союзников под лозунгами: «Смерть Гитлеру!», «Смерть Сталину!» К вечеру они овладели западными районами города. На другой день подразделения дивизии переправились на правый берег и рассекли противника на две части.

По отношению к новым союзникам в руководстве восстанием единства не было. ЧНС после определенных колебаний и под давлением коммунистов отказался от дальнейших переговоров с «власовцами» и от их помощи, понимая, что такой «союз» мог бы быть негативно воспринят советским руководством и командованием.

Прибывшие в штаб С.К. Буняченко посланцы от ЧНС привезли благодарственное письмо генералу А.А. Власову за оказанную помощь и сообщили решение Совета отказаться от услуг его армии. С.К. Буняченко готов был действовать против немцев и отдельно от ЧНС. Теперь он просил чехов передать по радио его меморандум, разъясняющий, почему он оказался в РОА, почему пришел на помощь Праге и теперь будет продолжать воевать против нацистов. Представители ЧНС отказались выполнить это требование.

Поняв, что американские войска не собираются наступать к Праге и в нее войдут части Красной армии, дивизия С.К. Буняченко вечером 7 мая стала покидать сражавшийся город, уходя теперь на запад, к американцам. Не вняли власовцы и просьбам повстанцев оставить им оружие. Впрочем, часть бойцов дивизии осталась в Праге и продолжала борьбу. Несомненно, что среди власовцев были люди, искренне желавшие сражаться с нацистами и тем самым получить прощение Родины. Всего в боях за город, по некоторым данным, погибло около 300 власовцев. С отходом на запад их основных сил немцы снова стали хозяевами положения в Праге.

1-й Украинский фронт наносил удар на Прагу с севера через Рудные горы. Ранним утром 6 мая разведка установила, что сплошной обороны противник создать не успел. Во второй половине дня стрелковые дивизии 13-й и 3-й армий совместно с соединениями 3-й и 4-й гвардейских танковых армий нанесли мощный и внезапный удар по самым слабым местам в обороне немцев. 5-я гвардейская армия сумела завершить подготовку к наступлению только к вечеру, когда основные силы фронта уже прорвали оборону и, несмотря на сильные дожди, затруднявшие движение по размокшим дорогам, продвинулись более чем на 20 км.