28 сентября (8 октября) Совет Ямайки рассмотрел информацию лорда Воана о том, что сэр Генри Морган передал ему сообщение, представляющее общественный интерес, а именно: что капитан Уильям Брэгг сделал резкие высказывания в адрес сэра Томаса Модифорда. Согласно заявлению сэра Генри, Брэгг заявил, будто сэр Томас Модифорд был повинен в государственной измене. Подробности этого дела были изложены Морганом в письме секретарю Ковентри, датированном 20 (30) октября. По его словам, 27 сентября, находясь в собственном доме, капитан Уильям Брэгг («человек, пользующийся доброй славой и имуществом как здесь, так и в Англии») обедал с ним, а затем, рассуждая о сэре Томасе Модифорде, вдруг заявил, что «сэр Томас был предателем, что он может доказать это и хотел бы отправиться домой в Англию с упомянутым сэром Томасом». Когда Морган спросил его, почему он не рассказал это его превосходительству, Брэгг ответил, что не знаком с губернатором так хорошо, как с сэром Генри, и что расскажет об этом позже. Морган немедленно доложил о случившемся Воану. Последний «встретил сэра Генри очень хорошо», затем послал капитану Брэггу приказ не покидать город и быть готовым явиться в совет на следующий день. Но когда полицейскому старшине приказали доставить Брэгга, тот сбежал. В погоню за ним отправили конный эскадрон под командованием полковника Томаса Балларда и подполковника Сэмюэла Лонга, однако беглец неожиданно сам явился к губернатору.

Морган приложил к письму секретарю Ковентри показания Брэгга, из которых напрашивался вывод, что сэр Томас Модифорд не питал любви к королю, был повинен в государственной измене и не мог оставаться главным судьей Ямайки. В ответ возмущенный до невозможности сэр Томас подал иск против капитана Брэгга, обвинив его в наглой клевете.

В конце осени пакет документов с жалобами лорда Воана на Моргана и Биндлосса достиг Уайтхолла. Он включал в себя: 1) письмо лорда Воана секретарю Ковентри, датированное 2 августа 1676 года; 2) изложение допроса сэра Генри Моргана и полковника Биндлосса его превосходительством и членами Совета Ямайки; 3) краткий пересказ выступлений сэра Генри Моргана и полковника Биндлосса в совете, заседавшем в Порт-Ройяле 24 июля 1676 года; 4) отчет Моргана секретарю Ковентри о его показаниях, данных губернатору и Совету Ямайки 2 августа 1676 года (в нем Морган выразил готовность предстать даже перед Судом Королевской Скамьи и там доказать, что «единственным интересом его жизни было служение Его Величеству»); 5) письмо Моргана секретарю Ковентри, в котором он уверял, что после прибытия на остров не написал флибустьерам ни одной строчки, а все копии его писем к ним — фальшивки (одновременно Морган заступился за своего друга Биндлосса, назвав все обвинения против него происками «завистников»); 6) каперское свидетельство капитана Джона Беннета, выданное ему губернатором Тортуги в апреле 1675 года; 7) письмо Моргана капитану Джону Беннету от 25 марта 1675 года, приглашающее от имени губернатора всех английских и французских приватиров приходить в порты Ямайки и пользоваться здесь полной свободой, как в прежние времена; 8) аналогичное приглашение капитанам Роджерсу, Райту, Невиллу, Беннету, Пигниру и другим, действовавшим с французскими каперскими свидетельствами, датированное 26 марта 1675 года; 9) письмо Биндлосса секретарю Ковентри от 29 июля 1676 года, в котором он оправдывает себя («я скорее перерезал бы себе горло, чем вызвал неудовольствие Его Величества своими действиями»), а заодно и Моргана; 10) пункты обвинения, выдвинутого губернатором против Биндлосса; 11) ответы Биндлосса на все пункты обвинения; 12) замечания лорда Воана по поводу ответов Биндлосса; 13) показания Биндлосса, данные полковнику Томасу Фаллеру 1 августа 1676 года; 14) приказ совета, отправляющий Роберта Биндлосса осмотреть некоторые форты в Порт-Ройяле; 15) допрос губернатором Чарлза Барре, секретаря Моргана, по поводу писем сэра Генри флибустьерским капитанам; 16) письмо Биндлосса секретарю Ковентри от 12 сентября 1676 года, в котором он отрицает свою дружбу с флибустьерами и высказывает готовность выйти в море на фрегате и сразиться с ними по приказу короля; 17) показания Чарлза Барре, данные в Порт-Ройяле 12 сентября 1676 года и свидетельствующие о том, что сэр Генри писал свои письма флибустьерам «с согласия лорда Воана» и не вел с ними никаких частных дел.

В ноябре Карл II отреагировал на жалобы ямайского губернатора весьма неожиданно: велел Ковентри отослать все документы «назад лорду Воану, губернатору Ямайки, для рассмотрения в тамошнем Совете». Кроме того, Ковентри было поручено передать копии документов по указанному делу лордам Комитета по торговле и плантациям, чтобы узнать их мнение.

К 28 ноября (8 декабря) лорды указанного комитета просмотрели документы, присланные лордом Воаном, и, прежде чем высказать свое мнение, распорядились подготовить для них краткий пересказ того, о чем в них говорилось. В то же время Ковентри сообщил присутствующим, что «лорд Воан затребовал и изъял у сэра Генри Моргана письма, которые он написал ему как государственному секретарю». Подобное самоуправство могло иметь для губернатора весьма неблагоприятные последствия.

В следующем году король Карл решил прислать на Ямайку нового губернатора в лице графа Карлайла, хотя официально он был утвержден в этой должности лишь 1(11) марта 1678 года.

28 сентября (8 октября) Уильям Бистон записал в журнале: «Все законы были приняты, губернатор [Воан] подписал их все, кроме нескольких второстепенных и акта о доходах, после чего распустил ассамблею, оставив остров сэру Генри Моргану, своему преемнику, и лорду Карлайлу без каких-либо доходов».

11 (21) марта 1678 года лорд Воан последний раз принял участие в заседании Совета Ямайки в качестве губернатора острова. В протоколе совета записано, что на нем помимо Воана присутствовали Морган, полковники Томас Фримен и Томас Фаллер, подполковники Томас Баллард, Роберт Биндлосс и Сэмюэл Лонг, а также Джон Уайт и Джон Болл. Губернатор уведомил членов совета, что состояние здоровья не позволяет ему исполнять свои обязанности, после чего отчитался о проделанной работе и расходовании средств. Воан заверил, что за время своего губернаторства не потратил на себя из общественных денег даже фартинга. В заключение его превосходительство сообщил, что передал копии своего поручения и королевских инструкций сэру Генри Моргану, который отныне должен исполнять обязанности губернатора.

Лорд Воан покинул Ямайку в марте. В дневнике Бистона записано: «Марта 14-го, 1678 года. Лорд Воан отправился в Англию на корабле капитана Нёрса, оставив управление островом в руках сэра Генри Моргана, вице-губернатора, который пополудни опубликовал приказ для всех офицеров, гражданских и военных продолжать и впредь исполнять все так, как они это делали до сих пор».

Взяв бразды правления Ямайкой в свои руки, Морган проявил себя большим энтузиастом работ по укреплению обороноспособности Порт-Ройяла. Указанные работы начались после того, как 28 марта (7 апреля) на Ямайку с Барбадоса прибыл капитан Мосли и заявил:

— Там так напуганы слухами о войне с Францией, что все Наветренные острова укрепились и приготовились к защите!

Морган «приказал удвоить стражу в Порт-Ройяле, и стража была введена в наиболее удобных [для высадки] местах острова». Кроме того, 3(13) апреля был созван Совет Ямайки. На нем сэр Генри присягнул в качестве главнокомандующего, а члены совета «поклялись быть ему верными». Затем губернатор постановил «собрать пятого числа военный совет из полевых офицеров для обсуждения нынешнего положения острова и приведения его в состояние обороны».

На военном совете, собравшемся в Порт-Ройяле 5(15) апреля, присутствовали Морган и 17 офицеров. На нем, по данным Бистона, «было решено… чтобы военные статьи оставались в силе двадцать дней, а остров — на военном положении; и чтобы в это время были предприняты всевозможные работы по строительству оборонительных сооружений во всех частях острова». Всем полковникам было приказано собрать в подчиненных им полках военные трибуналы, объявить о введении военного положения, провести во всех подразделениях военные учения, проверить, хорошо ли они обеспечены оружием и боевым снаряжением, после чего доложить об исполнении данного приказа сэру Генри. Далее, военный совет запретил любым каноэ приставать к берегу в Порт-Ройяле в ночное время (с десяти часов вечера до восхода солнца). Кроме того, «каждый десятый негр в сельской местности и каждый четвертый негр в Порт-Ройяле» должны были быть задействованы на строительстве фортификаций. Отрядам под командованием полковника Балларда и капитана Раймса предписывалось каждую ночь нести патрульную службу, а отдельным ротам — каждую ночь быть начеку в Сантьяго-де-ла-Веге, Солт-Понде и Порт-Ройяле.

Затем состоялось заседание Совета Ямайки, после которого Морган «взял с собой некоторых джентльменов осмотреть форты».

Из дневника Уильяма Бистона видно, что всю вторую половину апреля и начало мая жители Порт-Ройяла активно занимались фортификационными работами. 15 (25) апреля он писал: «Мы начали возводить линию из камня на восточной стороне форта Сент-Джеймс и завершили ее двадцать третьего вечером». Через девять дней — новая запись: «[Оборонительные] линии из камня начали возводить возле тюрьмы и полностью завершили утром второго мая».