В другом письме, адресованном, по всей видимости, госсекретарю Дженкинсу, Морган подтверждает информацию об отправке в крейсерство фрегата «Норвич» и вспомогательного шлюпа, которые должны были заняться охотой на пиратов. «Когда каких-либо пиратов доставят ко мне, я использую по отношению к ним максимальную строгость закона, — подчеркнул сэр Генри. — Одного я уже отправил на казнь, а другой ждет приговора».

О решительных действиях сэра Генри по борьбе с пиратством можно судить также по его письму от 14 (24) июля, адресованному в министерство торговли и плантаций: «Мы здесь окружены пиратами, которые под маской „приватиров“ грабят и захватывают даже те суда, что принадлежат этому острову. Они захватили одно, которым командовал капитан Чандлер, но тот, как ни странно, привез одного из них на сей остров в баркасе… Пират, которого доставил капитан Чандлер, был признан виновным и казнен».

Тем временем сэр Томас Линч получил все необходимые документы, назначавшие его генерал-капитаном, вице-адмиралом и главнокомандующим Ямайкой. В дополнение к стандартным полномочиям ему было дано право назначать и увольнять членов Совета Ямайки. Это означало, что для Моргана и его друзей вскоре должны были настать плохие времена.

В конце лета сэр Генри узнал, что король после консультаций с ямайским полковником Сэмюэлом Лонгом распорядился распустить «за ненадобностью» две роты. В письме сэру Леолайну Дженкинсу, датированном 22 августа (1 сентября), Морган признался, что шокирован подобным решением, ибо «наш ежедневный опыт доказывает обратное». По его словам, эти роты были «постоянно задействованы либо в море, либо на суше, доставляя беглых или мятежных негров и подавляя пиратов, которые, как я уже рассказывал вам, весьма многочисленны. Двадцать солдат в настоящий момент на борту „Норвича“ заняты преследованием сильного и отчаянного пирата [Лаурента де Граффа], и я слышал, что имела место стычка, хотя подробности мне пока не известны. Уже по этому вы можете судить об их полезности». Сэр Генри заверил госсекретаря, что не преследует никакой личной выгоды и хлопочет об отмене упомянутого выше распоряжения исключительно для пользы дела.

В сентябре Дженкинс отправил Моргану письмо с уведомлением, что решение о его отставке с постов вице-губернатора и генерал-лейтенанта уже принято. Понимая, что кормило власти вот-вот вырвут у него из рук, сэр Генри продолжил укреплять имущественное положение своей семьи. 7(17) октября он приобрел 120 акров земли в новом приходе Сент-Джордж, недалеко от бухты Аннотто, уплатив Уильяму Томпкинсу и его жене Мэри символическую плату в пять шиллингов, а спустя несколько дней заключил с ними договор «по культивации и управлению данной собственностью». 7(17) декабря адвокат Роджер Эллетсон и его жена продали ему еще три небольших участка земли в том же приходе (всего 212 акров) и участок земли в приходе Порт-Ройяла (площадь неизвестна). Имение в приходе Сент-Джордж он назвал Пенкарн — в память о ферме близ Тредегара, где прошло его детство. Позже, 6 (16) марта 1682 года, Томас Саут продал сэру Генри 20 акров земли за 50 фунтов стерлингов, однако документы умалчивают, в каком приходе находился этот участок земли.

Пока ожидали прибытия на остров нового губернатора, Морган продолжал управлять колонией. В январе 1682 года он и члены Совета Ямайки рассмотрели петицию французского протестанта Пьера Лепена, капитана королевского фрегата «Ла Тромпёз». Лепен, рассказав о жестоких преследованиях протестантов во Франции, просил ямайские власти позволить ему поселиться на острове и перейти в подданство к английскому королю. Обсудив эту просьбу, вице-губернатор и члены совета «единодушно решили» принять Лепена под защиту короля Англии. Позже Линч расследовал это дело и установил, что Лепен фактически был пиратом, который похитил упомянутый корабль в Кайенне (Французская Гвиана). Морган разрешил Лепену продать корабельный груз без уплаты таможенных пошлин. Затем «Ла Тромпёз» был зафрахтован двумя ямайскими купцами, Бэнксом и Уордом, и отправлен в Гондурасский залив за кампешевым деревом. Французский пират Жан Амлэн, прослышав об этом, догнал «Ла Тромпёз», пригласил шкипера и его помощника на борт своего шлюпа, а затем захватил упомянутый корабль. Отведя «Ла Тромпёз» в укромную бухту, он переоснастил его и стал нападать на все торговые суда без разбора.

Трудно сказать, знал ли Морган об истинном обличье капитана Лепена, но, судя по его отчетам, он продолжал предпринимать усилия по поимке закоренелых преступников. Об этом, в частности, сэр Генри докладывал госсекретарю Дженкинсу в письме от 8 (18) марта 1682 года:

«С тех пор как я казнил во исполнение королевских приказов трех пиратов, целая группа, которая два последних года беспокоила испанцев в Южных морях, с помощью испанского пилота прибыла на [Британские] Подветренные острова; шестнадцать из них отправились в Англию с Бартоломью Шарпом, их вожаком; остальные находятся на Антигуа и соседних островах, исключая четырех, которые прибыли сюда; один из них сдался мне, другие трое были мной с большим трудом обнаружены и арестованы. После этого они были найдены виновными и осуждены. Тот, который сдался, видимо, получит помилование от короны как информатор. Один из осужденных оказался кровавым и отъявленным негодяем и достоин наказания; двое других, как мне доложили судьи, могут быть прощены, но я не буду дальше рассматривать это дело до получения приказов Его Величества. Я искренне рад такому мнению суда, ибо питаю большое отвращение к кровопролитию и весьма сожалею, что за время моего недолгого правления мне так часто приходилось наказывать преступников смертью. Путешествие сих людей необычайно примечательно, поскольку менее чем за четыре месяца они прошли от Кокимбо, что находится в Перу на пятом градусе южной широты, до Барбадоса, находящегося на тринадцатом градусе северной широты. Наши заготовители кампешевого дерева недавно потеряли восемь судов, захваченных у них [испанцами], а их людей увезли пленными… Мне известно, что в Гаване, Мериде и Мехико находится много английских заключенных».

Заметим, что, рассказывая правительству о своей борьбе с пиратами, сэр Генри в то же время продолжал сообщать о нападениях испанцев на английские суда. Подобный метод подачи информации ранее использовали и другие губернаторы (например, лорд Виндзор, сэр Чарлз Литтлтон и сэр Томас Модифорд), которые хотели тем самым оправдать антииспанские действия флибустьеров Ямайки. Возможно, Морган тоже искал оправдания для тех английских флибустьеров, на совести которых были лишь набеги на испанцев, но которых нельзя было обвинить в нападениях на корабли соотечественников.

12 (22) июня 1682 года сэр Томас Линч, вторично занявший пост губернатора Ямайки, писал министрам торговли и плантаций: «Вряд ли можно было выжить и испытать больше несчастий, чем выпало на мою долю в этом рейсе. После того как шестнадцать или восемнадцать недель противный ветер удерживал нас в порту, вызвав непредвиденные потери и расходы, мы поднялись на судно. Мы достигли Мадейры, и здесь у моей жены случился выкидыш и она слегла, так что через месяц или пять недель я был вынужден оставить ее вместе с половиной семьи. Мы покинули Мадейру 6 апреля, а через пять или шесть дней после того, как мы приблизились к тропикам, я заболел из-за жары. Мы достигли Барбадоса 30 апреля и пробыли там три дня. Между ним и Ямайкой мне стало еще хуже, так что когда я высадился на берег в воскресенье 14 мая, я не мог идти от боли и головокружения. Однако я проследовал в церковь, и там королевское поручение было зачитано. В тот же вечер я присягнул тем из Совета, кто был в городе, а остальным — на следующий день и расположился в доме капитана Уилсона, поскольку Королевский дом вот-вот рухнет. Все джентльмены графства и милиция были готовы сопровождать меня в город, но я в течение шести дней не мог передвигаться. В это время пришла баркалона из Картахены с письмом от губернатора с просьбой позволить купить смолу, деготь и пр. для переоснащения галеонов, которые были потрепаны штормом… Они находились в Индиях год и везут много серебра. Я дал им позволение приобрести то, что они просили, и 25 мая отправил фрегат „Норвич“ сопроводить баркалону в Картахену, чтобы поставить губернатора в известность о моем прибытии и потребовать отдать несколько заключенных, а также шлюп, нагруженный сахаром и индиго, который был уведен отсюда. Чтобы побудить его пойти нам навстречу, я отправил ему двух негров, доставленных пиратами из Южного моря. Когда я находился в Пойнте, капитан Коксон, один из наших прославленных приватиров, принес мне каперское свидетельство, которое я отправляю как вещь огромного значения… Оно противоречит Мадридскому миру, и я уверен, приведет к новым вылазкам сих разбойников, прикрывающихся любыми каперскими грамотами… Я прибыл сюда 25 мая, хотя и был еще очень болен, поскольку офицеры и джентльмены не пришли бы до тех пор, пока не увидели меня здесь. Поскольку Королевский дом находится здесь в таком же плачевном состоянии, как и в Пойнте, мне пришлось отправиться в дом полковника Моулзвёрта. 27 мая был собран Совет, и я приказал капитану [Чарлзу] Моргану прислать мне отчет об оружии и припасах, которые хранятся здесь. Я также приказал сэру Генри Моргану, полковнику Моулзвёрту, майору Бейчу и капитану Уилсону взять рабочих, провести инспекцию портов и подготовить контракты для их ремонта».

Итак, на Ямайке появился новый правитель. Передав ему дела общественные, сэр Генри почти полностью переключился на дела приватные. Летом он купил еще несколько земельных участков. 6(16) августа Джон Арчер продал Моргану 510 акров земли в приходе Сент-Мэри, а 10-го числа того же месяца Джеймс и Марджери Беркли из прихода Вере уступили ему участок земли в Порт-Ройяле, в районе улиц Йорк-стрит и Тауэр-стрит.

В октябре генеральный ревизор Ямайки Реджинальд Уилсон, назначенный управляющим делами флота, попытался найти отчеты и иные документы, касавшиеся деятельности его ведомства в период губернаторства графа Карлайла и Моргана, но, к своему ужасу, ничего не обнаружил. О результатах ревизии он тут же доложил Линчу и запросил у него инструкции по поводу дальнейших действий. Губернатор заподозрил своих предшественников в мошенничестве, коррупции и утаивании сведений о всех кораблях, прибывавших на Ямайку и покидавших ее во время их правления. По данному факту было начато негласное расследование.