21 июня (в 23.00) — вызван к наркому обороны и проинформирован о возможном нападении в эту ночь фашистов. Приказал в 23.50 телеграммой флотам немедленно перейти на оперативную готовность № 1 и еще ранее — устно по телефону — перейти на готовность № 1, не дожидаясь телеграммы. Кроме приказа по телефону и телеграммой, отправил вторую телеграмму для военных советов флотов следующего содержания: «В течение 22–23 июня возможно внезапное нападение немцев. Нападение немцев может начаться с провокационных действий. Наша задача не поддаваться ни на какие провокационные действия, могущие вызвать крупные осложнения. Одновременно флотам и флотилиям быть в полной боевой готовности встретить возможный внезапный удар немцев или их союзников. Приказываю перейти на оперативную готовность № 1. Тщательно маскировать повышение боевой готовности. Ведение разведки в чужих территориальных водах категорически запрещаю. Никаких других мероприятий без особого распоряжения не проводить. Кузнецов». Таким образом, высшая боевая готовность № 1 была объявлена на флоте в 23 ч 50 мин 21 июня.

Директива о переходе на повышенную боевую готовность № ЗН/87 в 23 ч 50 мин 21 июня. Им изданы:

Директива о возможности внезапного нападения немцев № ЗН/88 в 01 ч 12 мин 22 июня.

Директива о принятии мер предосторожности в связи с угрозой нападения фашистской Германии, б/н.

22 июня (в 03.07) — вражеские самолеты совершили налеты на главную базу в Севастополе и на Измаил с целью заблокировать ЧФ. Сбросили на входной фарватер базы и в Северной бухте электромагнитные мины. Их встретил огонь зенитной артиллерии. В полной боевой готовности встретили шквальный огонь с румынской стороны корабли Дунайской флотилии. Воздушным атакам подверглись также Лиепайская и Рижская ВМБ КБФ. Магнитные мины были сброшены с самолетов в районе Кронштадта. Были сброшены бомбы в районе главной базы СФ — Полярного. Однако нападение фашистской Германии не застало ВМФ врасплох. Флот не потерял ни одного корабля. Флоты и флотилии начали действовать согласно предвоенным планам обороны.

22 июня (в 03.15) — нарком ВМФ получил первое телефонное сообщение от командующего ЧФ Октябрьского Ф.С. о том, что на Севастополь совершен налет.

После звонка из Севастополя — пытался по телефону доложить обстановку И.В.Сталину, которого не нашел. Разговаривал с Г.М. Маленковым. Последний перепроверил сведения Кузнецова, звонил в Севастополь.

22 июня (до 05.17) — под свою ответственность нарком ВМФ приказал передать флотам официальное извещение, что Германия начала нападение на наши базы и порты, которое следует отражать силой оружия.

22 июня в первые часы начала войны приказал через ГМШ всем флотам: «Немедленно начать постановку минных заграждений по плану прикрытия». Первоначально намечалось ставить мины у германских военно-морских баз: Мемеля, Гдыни, Данцига. По распоряжению наркома план был изменен. Минные постановки авиация производила у финских баз и портов и на коммуникациях в шхерном районе. В течение июня — июля авиация КБФ поставила несколько заграждений из 105 неконтактных мин на фарватерах в районе Аландских шхер и на подходах к Турку. Сторожевые корабли, тральщики и торпедные катера выставили еще 128 контактных мин на выходах из шхер у о-ов Утэ и Эре. В середине сентября в этом районе подорвался и затонул финский броненосец береговой обороны «Ильмарине». Всего на центральной минно-артиллерийской позиции было поставлено 3059 контактных мин образца 1908 г. и 1926 г. и 498 минных заграждений. На Ирбенской позиции и в Рижском заливе было поставлено 1178 контактных мин и 40 мощных заграждений.

Состоялся разговор с флотами и управлениями Наркомата. «Больше оперативности, следить за каждым шагом противника, действовать решительно, не дожидаясь указаний сверху», — потребовал нарком.

Приказал ГМШ не терять управления флотами, контролировать положение на них, быть в курсе всех распоряжений наркомата обороны.

Приказал заместителю начальника ГМШ В.А. Алафузову чаще информировать Генеральный Штаб о событиях на флотах.

22 июня — издал:

директиву о минных постановках, б/н;

директиву о развертывании подводных лодок № НШ/121;

директиву о развертывании подводных лодок № НШ/122;

директиву о развертывании подводных лодок № НШ/123;

директиву о проведении мобилизационных мероприятий № 242/ш;

директиву о нанесении ударов авиацией по Норвегии № НШ/138;

директиву о нанесении воздушного удара по портам Румынии № НШ/140;

директиву о ведении боевых действий в операционной зоне флота № 7/27.

с 23 июня по 10 июля — входит в Ставку Главного Командования.

23 июня — вызван к И.В. Сталину, в присутствии членов Политбюро и наркома обороны доложил о положении на флотах.

23 июня — издал:

директиву об активизации боевых действий с использованием минного оружия № НШ/150;

директиву об отмобилизации Каспийской военной флотилии № 252/Ш.

24 июня — издал:

директиву об обороне Рижского залива № 253/111; приказ о введении серии «Воздух» и простой условной таблицы для донесений о воздушном противнике № 337;

приказ о новых формированиях по усилению ПВО КБФ № 00143;

приказ о новых формированиях по усилению ПВО ЧФ № 00144.

24 июня — обсудил с начальником ГМШ И.С. Исаковым развитие событий на флотах с анализом положения.

По приказу № 1371 наркома ВМФ начальник ГМШ адмирал И.С. Исаков направлен в Ленинград в состав Командования Северо-Западного направления в качестве представителя главкома ВМФ по морской части. В годы войны нарком направлял на флоты начальника Главного политуправления ВМФ И.В. Рогова, адмиралов Л.М. Галлера, Г.И. Левченко, В.А. Алафузова и др.