В те дни большинство сотрудников Особого отдела МЧК работали круглосуточно. Спали по очереди, по два-три часа в рабочих кабинетах. Феликс Эдмундович вызывал к себе Евдокимова несколько раз в сутки, интересовался предпринимаемыми мерами, высказывал рекомендации.

Вначале чекисты придерживались версии, что взрыв в Леонтьевском переулке был совершен белогвардейцами как месть за аресты участников «Национального центра». Но никаких; доказательств тому так и не поступило, розыск не давал результатов.

2 октября при проверке документов в следовавшем из Москвы на Украину поезде была задержана активистка анархистской украинской организации «Набат» София Каплун. По распоряжению руководителей организации она была направлена для работы в тыл деникинских войск. У нее было найдено письмо главаря «Набата» Барона следующего содержания: «Теперь Москва начеку, пару дней тому назад местный комитет большевиков взорван бомбой, погибло больше десятка, дело, кажется, подпольных анархистов, с которыми у меня нет ничего общего. У них миллионные суммы. Правит всем человек, мнящий себя новым Наполеоном… Они сегодня, кажется, публикуют извещение, что это сделали они».

Сведения немедленно были переданы в Москву. Они позволили сразу же отмести предположение о причастности белогвардейцев к взрыву, искать виновных следовало среда анархистов. У Московской ЧК появилась хоть какая-то ниточка. Был арестован Барон, а также некоторые другие летальные московские и прибывшие с Украины анархисты. Но в процессе их допросов стало ясно, что они, хотя и осведомлены о том, кто устроил взрыв, всячески покрывают преступников. Арестованные даже пытались разыграть комедию; образовали из своей среды «следственную комиссию» якобы для оказания помощи чекистам, а на самом деле пытались сбить их с истинного пути, замести следы, оттянуть время.

Ф.Э. Дзержинский, В.Н. Манцев, Е.Г. Евдокимов и другие руководители ВЧК и МЧК тщательно проанализировали имевшиеся материалы об анархистах за предшествующий период и вновь поступившие данные. Они обратили внимание, что из поля зрения чекистов исчезло немало анархистов, активно действовавших прежде. Напрашивался вывод, что в столице существует анархистское подполье, что взрыв в Леонтьевском переулке могли осуществить именно эти анархисты. Были приняты меры по розыску исчезнувших «борцов за полную свободу».

К концу октября чекистам удалось установить некоторые связи анархистов, которые вели в район Арбата, в квартиру Марии Никифоровой. За квартирой было установлено наблюдение. Посещавшие Никифорову лица вели себя подозрительно, создавалось впечатление, что они пытались выявить наблюдение за собой. Чекисты нагрянули на квартиру, произвели тщательный обыск, арестовали несколько человек и устроили там засаду. Черев несколько часов пришел хорошо одетый мужчина. Обнаружив в квартире посторонних, он попытался скрыться, отстреливался и даже бросил в чекистов самодельную бомбу, которая, к счастью, не взорвалась. В перестрелке неизвестный был убит. У него были найдены наброски анархистских обращений и фальшивые документы. Московским чекистам удалось установить, что убитым является Казимир Ковалевич, служащий Московско-Курской железной дороги.

Вскоре был взят под наблюдение некто Александр Восходов, неоднократно бывавший у Никифоровой. В результате засады и обыска на его квартире было арестовано несколько членов организации анархистов, найдены списки и адреса участников подполья, оружие, взрывчатка. В перестрелке на квартире был убит один из главарей анархистов Соболев. Как позднее было установлено, он принимал непосредственное участие во взрыве в Леонтьевском переулке. В обнаруженной у него записной книжке содержались адреса руководителей партии левых эсеров, которым передавалась часть награбленных анархистами денег. Из записей явствовало, что между левыми эсерами и анархистским подпольем существует теснейшая связь.

…На столе начальника Особого отдела МЧК лежал список участников организации анархистского подполья, фамилий и адреса террористов едва уместились на восьми страницах. Ефим Георгиевич внимательно просмотрел список. Операция по ликвидации анархистского подполья вступала в завершающую стадию. Предстояла очень ответственная работа по обезвреживанию оставшихся анархистов. Чекисты проводили аресты и левых эсеров, связанных с террористическими группами. Среди них был Федор Николаев, по кличке Федька-боевик, деятельно участвовавший в подготовке взрыва в Леонтьевском переулке. По мере задержания членов «Всероссийской организации анархистов подполья» становились известными подробности подготовки этого преступления. Непосредственными его исполнителями оказались убитый в перестрелке Соболев, а также Барановский, Гречанников, Николаев и Глагзон.

О намечавшемся заседании в МК РКП (б) анархистам стало известно заранее. Как показал на допросах Николаев, накануне к анархистам пришел левый эсер, который сообщил, что на этом заседании большевики будут обсуждать вопрос о борьбе с анархистским подпольем, и заявил, что настала пора приступить к террору против коммунистов. Он же подробно описал подходы к зданию Московского комитета, дал рекомендации, как незаметнее подойти к дому, и указал место, откуда можно бросить бомбу.

25 сентября около 8 часов вечера Соболев, Барановский, Гречанников, Николаев и Глагзон встретились в заранее обусловленном месте. Соболев явился к месту встречи с бомбой, спрятанной в коробку для шляпы. Бомба была взята им на Арбате в квартире Никифоровой. На расстоянии друг от друга, чтобы не вызывать подозрения, они направились в Леонтьевский переулок. К зданию МК РКП (б) подошли только Соболев и Барановский, остальные находились на значительном расстоянии и наблюдали за обстановкой. Первым через ограду перелез Барановский. Соболев, убедившись, что их не заметили, передал ему бомбу, после чего сам перемахнул через ограду. Оказавшись на территории Московского комитета, они бегом пересекли двор, достигли утла здания. Соболев поднялся на балкон, выходивший в зал заседания. Запалив бикфордов шнур, он с силой бросил бомбу через стеклянную дверь балкона в зал, где собрались участники заседания. Не мешкая, Барановский и Соболев стремглав бросились назад к ограде. В тот момент, когда они оказались в переулке, раздался оглушительный взрыв. Соболева взрывная волна даже сбила с ног. Проходными дворами они поспешили в сторону Тверской улицы к Дегтярному переулку, чтобы поскорее укрыться на одной из конспиративных квартир.